以指紋圖譜作為中藥(天然藥物)提取物及其制劑的質量控制方法，目前已成為國際共識，各種符合中藥(天然藥物)特點的指紋圖譜控制技術體系正在研究和建立。美國美國食品藥品監督管理局(FDA)允許在草本保健品的申報材料中提供色譜指紋圖譜；世界衛生組織(世衛組織)在1996《草藥評價指導原則》中也規定，草藥有效成分不明確的，可以提供色譜指紋圖譜證明產品質量的壹致性；在《草藥質量指南》中，歐羅巴也表示，僅僅通過測定壹種有效成分來檢驗質量的穩定性是不夠的，因為草藥及其制劑整體上是活性物質。色譜指紋圖譜，尤其是薄層色譜的特征指紋圖譜非常有用。國外指紋圖譜的應用旨在解決成分復雜、有效成分不明的植物藥的質量檢測和產品批次間的質量差異問題。其中，德國研發的銀杏葉提取物制劑就是壹個突出的例子。他們通過指紋圖譜建立了相應的標準，反映了制劑中的33種化學成分(主要是黃酮類和內酯類)及其各自的含量。通過化學成分與藥效學的相關性研究，發現由24%左右的銀杏黃酮和6%左右的銀杏內酯組成的提取物療效最好。另外，“混批勾兌”的方法可以使最終產品質量穩定，指紋圖譜重現性好，含量波動範圍在5%左右。
20世紀70年代，我國有學者嘗試用TLCS分析中成藥，但由於主客觀條件的限制，技術和時機的不成熟，沒有得到認可。90年代，中國藥典增加了中藥化學對照品和對照藥材，為中藥指紋圖譜的研究奠定了基礎。隨著色譜技術的快速發展和檢測能力的顯著增強，為指紋圖譜的研究和應用提供了良好的技術保障。目前，我國已經做出了中藥註射劑必須進行指紋圖譜檢測的規定，並提出了具體的技術要求；指紋圖譜也廣泛應用於中藥材標準化生產的實施。
然而，作為壹項新技術，中藥指紋圖譜在實際應用中仍面臨許多問題。只有進壹步加強中藥材種植加工和中成藥生產儲存的標準化；中藥化學成分和藥理研究的系統化、規範化；多學科在技術上的滲透可以保證中藥質量的穩定和中藥指紋圖譜的建立。
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