內設機構:辦公室、政策法規司、食品安全監管協調司、藥品註冊安全監管司、藥品市場監管司、醫療器械司、稽查支隊、人事教育司、財務司、監察室、政府黨委。
直屬機構:衡陽市食品藥品檢驗檢測中心和美國食品藥品監督管理局衡陽縣、祁東縣、常寧市、耒陽市、衡東縣、衡山縣、衡南縣、南嶽區。
根據《衡陽市人民政府關於印發衡陽市人民政府機構改革方案實施意見的通知》(衡發[2010]3號)和《衡陽市人民政府關於衡陽市人民政府機構設置的通知》(衡委[2010]4號)(壹)取消衡陽市人民政府已取消的行政審批事項。
(二)將衡陽市衛生局的食品衛生許可、食品安全監督和餐館、食堂等消費環節(以下簡稱消費環節)保健食品、化妝品的衛生監督管理職責劃給市美國食品藥品監督管理局。
(三)將綜合協調食品安全、組織重大食品安全事故調查處理的職責劃給衡陽市衛生局。(壹)監督實施藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全監督管理的政策和規劃；起草相關規範性文件。
(二)負責餐飲服務消費許可和食品安全監督管理。
(三)監督消費中食品安全管理規範的執行情況；開展消費中食品安全的調查和監測。
(四)負責化妝品衛生的監督管理，監督化妝品衛生標準和技術規範的實施。
(五)負責藥品和醫療器械的行政監督和技術監督，監督藥品和醫療器械研制、生產、流通和使用過程中質量管理規範的實施。
(六)負責藥品醫療器械的監督管理和壹類醫療器械的註冊，監督藥品醫療器械國家標準的實施；組織監測藥品不良反應和醫療器械不良事件；配合有關部門實施國家基本藥物制度；組織實施國家處方藥和非處方藥分類管理制度。
(七)組織實施中醫藥和民族醫藥監督管理規範，監督實施中藥材生產質量管理規範、中藥材加工規範；依法實施中藥品種保護制度。
(八)監督管理藥品和醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品和精神藥品。
(九)查處食品安全和藥品、醫療器械、化妝品研發、生產、流通、使用中的違法行為。
(十)指導全市食品藥品相關方面的監督管理、應急、檢驗和信息化建設。
(十壹)開展食品藥品監督管理相關的交流與合作。
(十二)在職責範圍內，貫徹執行國家和省食品藥品產業政策。
(十三)承辦衡陽市人民政府交辦的其他工作。根據上述職責，衡陽市美國食品藥品監督管理局內設機構12名:
(1)辦公室。
負責機關的日常運行、安全、保密、信訪留言、會議、機要文件等工作；承擔統計、新聞宣傳和綜合信息管理工作；指導本系統的信息化建設；負責組織、指導和協調食品藥品安全突發事件的應急管理工作。
(2)政策法規科。
組織有關法律法規的宣傳教育並監督實施；承擔規範性文件的合法性審核；承擔行政執法監督工作；承辦行政復議、行政訴訟和聽證；組織實施食品藥品執法檢查；協助處理重大食品藥品案件和跨地區案件；負責食品藥品執法人員執法證件的發放和更換。
(3)餐飲服務監管科。
負責消費中食品安全的監督管理；監督消費環節食品安全管理規範的執行情況；承擔消費環節食品安全的調查和監測；承擔餐飲服務許可管理工作；監督餐飲服務許可相關規範的實施；協助應急處置，調查處理消費領域重大食品安全事故。
(四)保健食品和化妝品監管部門。
負責保健食品的監督管理；承擔化妝品衛生監督管理工作；監督化妝品安全管理標準的實施；承擔化妝品安全性的調查和監測；承擔化妝品衛生許可管理工作；監督實施化妝品衛生許可的相關規範；協助應急處理，調查和處理重大化妝品安全事故；負責保健食品和化妝品廣告的監測。
(5)藥品註冊與安全監管司。
監督中藥材生產、藥品和直接接觸藥品的包裝材料生產、醫療機構制劑等質量管理規範的實施；受省美國食品藥品監督管理局委托，負責轄區內醫療機構制劑調劑和使用的審批；負責新藥臨床試驗的監督管理；依法監督醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和醫藥易制毒化學品的生產和使用；依法實施中藥品種保護制度；組織實施藥品不良反應監測；指導全市藥品和藥包材檢驗機構的業務工作。
(六)藥品市場監管科。
監督藥品經營質量管理規範的實施；監督處方藥、非處方藥、中藥材、中藥飲片購銷規則的執行情況；組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度；依法監督醫療機構藥品的使用；依法核發《藥品經營許可證》;依法監管醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品的經營；負責藥品廣告監測，組織開展醫療器械、保健食品、化妝品廣告監測；負責互聯網藥品信息服務和交易的監督管理。
(7)醫療器械監管科。
監督醫療器械標準和醫療器械產品分類管理目錄的實施；監督醫療器械研發、生產、流通和使用過程中質量管理規範的實施；實施醫療器械認證制度；組織實施醫療器械不良事件監測；依法發放醫療器械生產經營許可證；負責發放第壹類醫療器械產品註冊證書；負責醫療器械廣告的監測。
(8)計劃財務部。
擬定全市食品藥品行業發展規劃；制定局機關和直屬單位的財務管理制度並組織實施；編制局機關和直屬單位的預決算並監督執行；負責本局日常財務會計工作；負責局機關及直屬單位資產管理和行政事業性收費的監督管理；承擔局機關和直屬單位的內部審計工作；承擔局機關和直屬單位基本建設的審批工作。
(9)人事教育科。
負責局機關和直屬單位的人事、勞動工資、機構編制管理、離退休幹部管理、職稱和外事管理工作。
及其他相關工作；制定本地區食品藥品監督管理人員培訓計劃並組織實施；承擔食品、藥品等相關從業人員的教育培訓工作。
(10)審計局
受理案件舉報和投訴，負責查處醫療器械(含藥品、醫療器械、藥品包裝材料和容器)、保健食品、化妝品和消費領域食品安全違法違規案件；組織實施相關人員的檢驗和抽樣計劃；監督產品召回；配合處理重大案件和跨地區案件；主席團交辦的其他事項。
(11)監理辦公室
在上級紀檢監察部門和本局黨組的領導下，開展行政監察，負責局機關和直屬單位工作人員違紀違規案件的查處，配合黨風廉政建設宣傳教育工作。
(十二)機關黨委
負責局機關及直屬單位的黨群工作。
紀檢(監察)機構按照有關規定設置。市美國食品藥品監督管理局行政編制38名，其中:主任1，副主任3名，紀檢組長1，工會主席1；正科級領導10人(含監察室主任1人)，副科級領導19人。
政府後勤服務由4人編制全額撥款。(1)代理
衡陽美國食品藥品監督管理局雁峰、石鼓、朱暉、蒸湘分局成立，增加雁峰、石鼓、朱暉、蒸湘食品藥品執法大隊牌子為衡陽美國食品藥品監督管理局派出機構。所需人員由衡陽市衛生監督所調入15人，其中在雁峰工作12人，在石鼓工作9人，退休2人，在朱暉工作9人，在鄭州工作10人，在四個城區退休3人，計劃調入63人，其中工作和退休55人。
(2)公共機構
1，衡陽市藥品檢驗所更名為衡陽市食品藥品檢驗檢測中心，加掛衡陽市藥品不良反應監測中心牌子，實行壹所兩牌，為衡陽市美國食品藥品監督管理局管理的副處級事業單位。
2.保留衡陽市美國食品藥品監督管理局稽查支隊編制，設為衡陽市美國食品藥品監督管理局管理的科級機構。
上述機構和事業單位的組織計劃另行下達。
(3)保健食品的監督管理由衡陽美國食品藥品監督管理局負責，法律法規另有規定的除外。
(四)食品生產、流通和消費監督管理的職責分工。衡陽市衛生局負責監督國家制定的食品生產流通衛生標準和條件，以及納入食品生產流通許可的條件。衡陽市美國食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費領域餐飲服務許可的監督管理。衡陽市質量技術監督局負責食品生產許可證的監督管理。衡陽市工商行政管理局負責食品流通許可的監督管理。不再發放食品生產流通衛生許可證。
(五)藥品流通管理職責分工。衡陽市商務局是藥品流通行業主管部門，負責研究制定藥品流通行業發展規劃和政策，推進藥品流通行業結構調整，指導藥品流通企業改革，促進現代藥品流通方式發展。衡陽市美國食品藥品監督管理局依法負責藥品流通企業的準入管理和藥品流通監管，擬定藥品流通過程中質量安全相關標準並監督實施；配合衡陽市商務局實施藥品流通行業發展規劃和政策。