1、因功用而命名
某些藥物根據其功用的特點而命名：如防風能防治外感風邪，益母草可治婦產科病，大風子治療大麻風，淫羊藿可治陽萎，石決明、決明子能明目，續斷能續筋接骨等。
2、因氣味而命名
某些藥物有特殊的氣味，則按氣味特點命名，具有芒香氣味者如木香、藿香、丁香、茴香、乳香、沈香等。臭氣難聞的有臭梧桐、臭牡丹、臭阿魏等。有甜味的如甘草、甘松；苦味的如苦參、苦楝子；辣味者細辛、辣椒；酸味者酸棗仁；鹹味者鹹秋石；淡味者淡竹葉；五味俱備者如五味子。
3、因形態而得名者
很多中藥具有各種天然顏色，故其顏色亦可作命名之源。如紅色者有紅花、赤芍、丹參、朱砂；白色的有白芨、白芷、白術、白薇等；黑色的玄參、烏梅；黃色的有黃連、黃芩、黃柏；青色的有青黛、青蒿、大青葉等。
5、因生長特性而命名
夏枯草夏至後花葉枯萎，半夏成熟於仲夏，夏天無入夏後枯萎，忍冬之葉淩冬不雕，冬青之葉嚴寒尤青等都是以其生長特性作為命名之依據。
6、因入藥部分而命名(藥材命名中最廣者)
植物藥有根莖葉花果實種子之別，動物也有皮肉骨內臟之異，故其入藥部分可作命名之依據，如麻黃根、葛根藥用其根，蘇葉、桑葉、荷葉、側柏葉均用其葉，蘇梗、荷梗、藿梗均用其莖梗，萊菔子、白芥子、牛蒡子用子而名，金銀花、旋夏花、菊花、玫瑰花用其花而名之，枳實、芡實均用其果實；動物藥中有刺猬皮、虎骨、熊膽、獺肝、犀角、羚羊角等名稱，均以其入藥部分而命名之。
7、因秉性而命名
按藥物原有的性質來命名，如急性子，其性急猛異常；蓯蓉補而不峻，有從容和緩之性；王不留行，走而不守；沈香性沈重，小麥性輕浮者稱浮小麥等。
8、因產地而命名
如蜀椒、川芎、川貝、川楝子、川連產四川；浙江產而於杭州集散者有杭白芷、杭菊花；阿膠為山東東阿縣阿井之水熬驢皮而制成；懷牛膝以河南懷慶產者佳，川貝母以四川松潘者為勝等。
9、人名命名
以人名命名大多帶有傳奇色彩；如使君子的命名，相傳潘州郭使君療小兒疳蟲，常投此藥獲效；何首烏相傳何姓老人常采食此藥，年至130歲發猶烏黑，故名之；其他尚有牽牛子、預知子、杜仲、徐長卿、劉寄奴等。
10、外來藥物及譯音命名
國外或少數民族地區輸入之藥材，常加“番”、“胡”，如番瀉葉、胡黃連、胡椒；更有譯名如訶黎勒、曼陀羅、阿芙蓉等。
此外，尚有以大；小命名，如大棗、大薊、大戟、大茴香、小茴香、小薊；因貯久而命名如陳皮、陳倉米；藥材珍貴難得或高效者，其命名常加寶，如馬寶、狗寶；高效者如千年健、威靈仙等。
中藥稱謂按其來歷的不同，歸納起來，大致有以下幾類：
◆以產地命名
如川連、川芎、川貝母等，皆因主產於四川而得名。廣藿香、廣皮、廣木香產於廣東，建曲、建澤瀉產於福建，雲茯苓產於雲南，關防風、關黃柏產於東北地區，因而得名。阿膠，因出產於山東省東阿縣，故得其名。信石出信州，故名。蘇合香，因產於古蘇合國而得其名。
◆以藥物的生長形態命名
如牛膝，因其莖有節，形狀膨大似牛膝而得名。人參，入藥用其根，其形狀如人形，故名。佛手，其形狀似人手有指，故呼佛手。豬苓，其根塊黑如豬屎，故有其名。金毛狗脊，其根形似狗脊，毛如狗毛，故得其名。其他如車前草、沈香、木通、公丁香、馬兜鈴、連翹、兩面針、七葉壹枝花、八角蓮、木蝴蝶、白頭翁等皆以形態而得名。
◆以藥物生長特點命名
如半夏，農歷五月間成熟，恰巧是夏季過了壹半，故得其名。夏枯草因每到夏至便枯黃萎謝而得名，忍冬藤因經冬不雕而得名，萬年青因四季常青而得名。冬蟲夏草，因其冬為蟲，夏為草，成蟲體與菌座相連而得名。冬青子，因冬季采摘其成熟果實而得名。
◆以藥物特有氣味命名
酸味的酸棗仁、甜味的甘草、苦味的苦參、辣味的細辛，皆以味而得名。五味子，其因“皮肉甘酸，核中辛苦，都有鹹味”，五味俱全故而得名。魚腥草因其葉具有魚腥味而得名，黃花敗醬草，因其具有陳敗醬的特異氣味而得名。麝香、丁香、茄香、藿香、降香均以香味而得名，臭靈丹、臭茉莉、臭梧桐則均以臭味而得名。
◆以藥物的顏色命名
許多中藥具有各種天然的顏色，因此，藥物的顏色也成了藥名的來源之壹。如紅色的有紅花、赤芍、丹參等；黃色的有黃柏、黃連、黃芩、大黃等；青色的有大青葉、青皮、青蒿、青黛等；白色的有白芷、白術、白芍、白薇、白芨等；黑色的有黑豆、黑醜、黑芝麻等；紫色的有紫草、紫花地丁等。
◆以植物、動物、礦物的藥用部分命名
植物以花入藥的有菊花、洋金花、旋覆花等；以子入藥的有蓮子、萊菔子、菟絲子、枸杞子等；以葉入藥的有艾葉、蘇葉、淡竹葉、側柏葉等；以藤入藥的有海風藤、夜交藤、雞血藤等；以根入藥的有葛根、蘆根、山豆根等；以皮入藥的有丹皮、泰皮、五加皮、地骨皮等；以木質部分入藥的有蘇木、竹茄等。以動物藥用部分入藥而命名的有蟬蛻、牛黃、鱉甲、龜板、鹿茸等。礦石入藥的則有朱砂，赭石，滑石等。
◆以藥物功效命名
防風能治諸風頭痛，澤瀉能澤利水濕，益母草能治婦科病，千年健能“祛風延年”，遠誌能益智安神強誌，骨碎補為治療打損傷補骨碎之要藥，因此而得名。威靈仙則因“威言其性猛，靈仙言其功效”而得名。王不留行為催奶之要藥，“性走而不住，雖有王命不能留其行，故而得名”。
◆以藥物發現人的名字命名
如南朝宋武帝劉裕，小名寄奴，因發現刀槍箭藥，壹敷即愈，人們便將此藥喚“劉寄奴”。俗傳潘州郎中郭使君，治療小兒疾病多采“留求子”，後醫家便稱此藥為“使君子”。何首烏，因順州何田兒老來無子，服用此藥後須發皆黑，老來得子，壽綿百余歲，故將此藥取名“何首烏”。
◆以民間傳說故事命名
如牽牛子，傳說是田野人服此藥後病愈，牽牛酬謝而得名。淫羊藿，陶弘景說：“西川北部有淫羊，壹日百遍合，蓋食此藿所致”，故名淫羊藿。禹余糧，
傳說大禹治水成功後，將余糧拋棄在江邊和山崗上，後來變成壹種澀腸止瀉、收斂止血的良藥，所以人們稱為“禹余糧”。石榴，別名安石榴，傳說為漢張騫出使西域後從安石國帶回，故取其名。