2004年在原林學系基礎上成立了生態工程系。生態工程系現有教師25名，其中教授2名，副教授6名，講師11名，具有碩士學位教師11名，在讀研究生教師7名，“雙師型”教師占60%以上，形成了以教授、副教授為專業帶頭人、結構合理的專業教師隊伍。下設園林教研室、環藝設計教研室、林業教研室和植物生態教研室四個教研室，其中園林教研室在2007年被評為省級優秀教學團隊。《園林植物育種技術》課程被評為省級精品課。
生態工程系有在校生人數760余名。自2002年以來，本系畢業生有35名分別升入東北林業大學、東北農業大學、齊齊哈爾大學、黑龍江八壹農墾大學就讀本科，畢業生多就業於哈爾濱及省內外園林綠化公司和林業等部門，主要從事園林綠化施工、園林規劃設計、園林植物生產、林業生產技術與管理等崗位工作，2007年本系畢業生就業率達90%以上。由生態工程系學生創作的藝術作品在多次大賽中獲獎，其中作品《銀杏家園》在“第五屆黑龍江省大學生冰雕藝術設計大賽”中榮獲制作類“最佳表現獎”；作品《冰界精靈》在全國“第二屆大學生冰雕藝術設計大賽”中榮獲“最佳創意獎”；作品《2008北京》在太陽島“第八屆雪雕比賽”中獲“紀念獎”。
資源環境系資源環境系現有教師19名，其中教授1名，副教授4名，講師4名；具有碩士學位教師4名，在職攻讀碩士學位教師5名；森工總局學科帶頭人3名，學院專業帶頭人4名，“雙師型”教師9名。開辦了資源環境與城市管理、環境監測與治理技術、環境監測與評價和自然保護區建設與管理4個專業，在校生人數484名，已培養畢業生226名。
為創建良好的實習實訓環境，與哈工大市政環境工程學院、大慶東城區汙水處理廠、哈市垃圾發電廠、哈市文昌汙水處理廠、省環境監測中心、哈爾濱市環境監察支隊等單位建立了合作夥伴關系。有環境分析、環境工程、環境信息、大氣除塵實訓室6個，儀器設備總價值180余萬元。為學生更好地接觸實踐，提高職業技能提供了便利條件。
應用技術系應用技術系設有裝飾藝術、建築技術、機電技術、家具技術4個教研室。現有教職工40名，其中教授5名（含研究員1名），副教授11名（含高級工程師1名），骨幹教師中有4名獲得地市級學科帶頭人稱號，學院專業帶頭人5名。2008年招收專業為室內設計技術、家具設計與制造、建築工程技術、工程監理、應用電子技術、通信技術等。
應用技術系設有美術繪畫、工程制圖、室內設計、木質材料、裝飾材料、裝飾施工、塗飾塗裝、建築材料、建築力學、工程測量、電工電子等校內實驗實訓室。此外在校外建有實習實訓就業基地20余處。
應用技術系近年來科研成果顯著：主持出版教材及教學參考書***17部，主持完成科研與教研課題5項，主持完成國家標準5項和林業行業標準2項，獲得省及地市級自然科學技術和教育科學研究成果獎8項，在各類學術刊物上發表論文200多篇。生物技術系
生物技術系現有專任教師20名，其中副教授5名，講師7名，高級職稱教師占25%；碩士及在讀碩士教師8名，“雙師型”教師7名，具有中藥執業藥師資格教師2名，食品營養師資格教師5名。現開設了中藥（鑒定與營銷方向）、食品營養與檢測和中藥制藥技術3個專業，並同時面向全國招生。
生物技術系目前擁有藥用植物實驗室、中藥鑒定實驗室、藥劑實驗室、中藥炮制實驗室、中藥標本館、食品營養與檢測實驗室、食品工藝實驗室、食品微生物實驗室等，儀器設備價值60余萬元，能夠滿足各專業的教學需求，結合專業技術課教學，90%以上學生可獲得相應專業職業技能證書。此外，已與黑龍江林業科學研究院平山實驗林場、黑龍江農業科學研究院園藝分院、哈藥集團三精制藥股份有限公司、哈藥集團世壹堂制藥股份有限公司、珍寶島制藥股份有限公司、葵花制藥股份有限公司、哈爾濱三木制藥股份有限公司等單位建立協作關系，為學生提供實習、實訓場所。生態經濟系
生態經濟系是黑龍江生態工程職業學院經管類教學部門。設有旅遊、商貿、財經、管理4個教研室。現有專任教師25名，其中教授1名，副教授11名，講師2名，“雙師型”教師10名，專任教師中獲得碩士學位及在讀碩士學位教師10名，形成了以教授、副教授為專業帶頭人、以“雙師型”教師為實踐性教學骨幹、結構合理、素質優良的專業教師梯隊。
本系建有壹流的財會電算化實訓室、會展與營銷綜合實訓室、賓館酒店綜合實訓室（分餐飲、客房兩部分）、物業管理實訓室、形體禮儀實訓室。為加強校外實踐教學，與省內外10家相關單位建立了實習實訓關系，為學生的實習實訓與就業工作提供了可靠的保證。建系以來，已培養各級各類人才4000余名，出版著作26部，發表論文100余篇，完成地市級以上教學科研課題25項。
計算機技術系
計算機技術系現有教師18名，其中教授2名，副教授6名。教師都具有雙師素質，專業水平高，實踐能力強。本系教師年富力強，精力充沛；刻苦鉆研，勇於奉獻；品德高尚，愛崗敬業；教書育人，為人師表；教學能力強，教學質量好，深受學生的歡迎和愛戴。本系教學設備充足，教學設施完備，教學技術手段先進。現擁有6個現代化的微機室，1個網絡實訓室、1個軟件開發實訓室、1個多媒體技術實訓室、1個計算機組裝與維修實訓室。微機室和實訓室都裝有先進的多媒體網絡教學系統，都連成局域網並可通過校園網高速訪問因特網，為教學提供了先進的手段。微機室和實訓室都進行了裝修，安裝了防靜電地板和空調，為學生提供了舒適的學習環境。微機總量達400多臺，絕大多數都是高配置的聯想品牌機，能充分地滿足教學和實訓的需要。在校外與多家企事業單位合作，建立了多處實習實訓基地，能滿足學生實習實訓的需要。本系在教學上註重學生實踐能力的培養，強化實踐教學，融教、學、做於壹體，以使學生熟練掌握專業技能。強調教學與實際應用相結合，以使學生的知識和能力與實際工作崗位要求相接軌。由於教學理念新，教學實踐充分，因此，本系培養出來的學生深受社會歡迎，就業率高，就業質量好。