不壹樣。
北京同仁堂和南京同仁堂的區別：
1、成立時間不同
北京同仁堂始創於1669年，至今已有349年的歷史。南京同仁堂成立於1926年，原來是北京同仁堂在南京的分公司。不過在1955年公私合營時期，南京同仁堂從同仁堂集團分拆，北京同仁堂歸北京市政府，南京同仁堂歸南京市政府。
2、經營範圍不同
北京同仁堂的產品服務包括藥品、保健食品、食品、化妝品、參茸飲片5大類1500余種產品。企業奠基了中藥西制的先河，中成藥是其主要產品，集現代制藥業/零售商業/醫療服務板塊於壹體的現代中醫藥集團。
南京同仁堂的產品服務包括片劑、丸劑、膠囊劑、顆粒劑、口服液等劑型產品。它的前身是"京都同仁堂樂家老鋪"，因其創辦人姓樂而得名，集合中醫診療/保健調理/養生指導為壹體的高品質國醫館。
北京同仁堂發展歷史：
1669年（清康熙八年）樂顯揚創辦同仁堂藥室；
1723年（清雍正元年）由皇帝欽定同仁堂供奉清宮禦藥房用藥，獨辦官藥，歷經八代皇帝，188年之久；?
1957年同仁堂中藥提煉廠正式成立，開創中藥西制的先河；壹九七九年 同仁堂廠、店 牌號得以恢復；
2000年5月，成立了北京同仁堂科技發展股份有限公司，同年10月在香港創業板上市，是國內較早的A股分拆成功上市，同在五月 成立了同仁堂麥爾海生物技術有限公司開始了向生物工程領域的初步探索。
2010年6月，與崇文區衛生局合作，組建北京同仁堂崇文中醫醫院，並於6月18日正式揭牌，標誌著同仁堂在實現中醫中藥有機結合方面，正在進行有益探索。
2010年7月，由北京市政府授權的中國北京同仁堂（集團）有限責任公司正式揭牌。這標誌著同仁堂實現了規範化的公司制的轉變，也是體制上的壹次重大變革。
以上內容參考 百度百科-同仁堂、百度百科-南京同仁堂