益生元種類繁多，廣泛存在於各種天然植物性食物中。目前常見的益生元是低聚糖，如低聚果糖、低聚半乳糖、低聚異麥芽糖、大豆低聚糖等。此外，膳食纖維也屬於益生元的範疇，壹些多糖和蛋白水解物也能起到益生元的作用。
如果想補充益生元，可以在日常飲食中多吃新鮮蔬菜、水果、粗糧。天然植物性食物的膳食纖維大多對益生菌有益，如海藻、瓜類、蘋果、香蕉、蘆筍、菊苣、洋蔥等食物都富含益生元。除了多吃新鮮的植物性食物，還要盡量少吃加工食品和高脂肪的食物，因為纖維素可以促進益生菌的生長，而高糖高脂肪和過量的蛋白質會促進有害細菌的生長。
如果想快速補充益生元和益生菌，也可以選擇專門的益生元補充劑，或者同時使用益生元和益生菌補充劑。但很多益生元補充劑本質上都是植物提取物，所以如果沒有特殊疾病，可以通過合理調整飲食結構攝入足夠的益生元，不需要服用特殊的益生元制劑。
對於壹般人來說，補充益生菌是比直接補充益生菌更合理的選擇。因為直接補充益生菌有很多缺點，比如在上消化道被破壞，在腸道停留時間短，定植能力差等等。如果長期服用益生菌，還可能導致腸道菌群再次失衡。而益生元沒有這些缺點，仍然可以達到促進益生菌生長的目的。