隨著分離分析技術的發展，中藥質量研究也由過去“四大鑒別”(基元鑒別、性狀鑒別、顯微鑒別、理化鑒別)發展到反映中藥材全貌的指紋體系，即反映中藥材的多元化學組成特性的化學指紋圖譜和反映生物體 (除礦物、樹脂類外) 特性的基因指紋圖譜，從有效成分和遺傳物質兩方面實現對中藥材的質量控制，為中藥材以及中成藥提供綜合的和可量化的質量評價方法。 中國中藥指紋圖譜的研究已有相當的基礎，最早可以追溯到20世紀60年代，如采用薄層色譜、紫外光譜、紅外光譜法來描述中藥材主要成分的特征，這是早期的原始的指紋圖譜，具有直觀、在簡單情況下容易比較差異的優點。隨著分析技術的飛速發展和微電腦的廣泛應用，基於化學計量法的中藥指紋圖譜的研究方法向高效、靈敏、專屬、智能化、聯用型的方向發展，高效液相、高效毛細管電泳、高速逆流色譜、核磁***振、近紅外光譜等新興分析技術的應用和各種數學分析方法的運用，為中藥指紋圖譜的研究與發展提供了廣闊的前景。
紫外光譜指紋圖譜
紫外光譜法是1995年以前指紋圖譜常用的方法。由於不同中藥所含的不飽和程度有差異，因而導致其紫外吸收曲線的形態、峰位、峰強度亦有差異，以此達到鑒別效果。常用導數光譜及結合各種數學分析法來消除樣品中的壹些無關吸收，排除原圖譜中的某些幹擾。
紅外光譜(IR )指紋圖譜
紅外光譜又稱分子振動轉動光譜，是壹種分子吸收光譜。當樣品受到頻率連續變化的紅外光照射時，分子吸收了某些頻率的輻射，並由其振動或轉動運動引起偶極矩的凈變化，產生分子振動和轉動能級從基態到激發態的躍遷，使相應於這些吸收區域的透射光強度減弱。記錄紅外光的百分透射與波數或波長關系的曲線，就得到紅外光譜。壹般的紅外光譜是對整個化合物分子的鑒別，比單純的官能團的化學定性鑒別專壹性更強。而中藥材的紅外光譜在本質上與純化合物紅外光譜不同，它是混合物中各個組分紅外光譜的疊加。中藥材各種化學成分只要在質和量的方面相對穩定，並且樣品處理方法按同壹要求進行，則其紅外光譜也是應該相對穩定的。因此這樣得到的混合物紅外光譜應該是具有壹定的客觀性和可重復性。利用上述原理，不同混合物的紅外光譜各主要吸收峰歸屬，只要在4000-400cm，範圍內比較光譜差異即可。這種差異可以表現在三個方面：壹是在某壹波數處鑒別雙方只有壹方有明顯差異；二是在某壹波數內，鑒別雙方的光譜中，吸收峰的形狀和強度都有明顯差異；三是“指紋區”，面貌不同。
近紅外光譜法
近紅外光譜法(NIRS)是壹種用於鑒定有機物質十分有用的技術，是中紅外光譜中C-H， N-H，O-H和S-H的***振吸收，具有高信息量。波長範圍為780nm-2500nm，而且該光譜取決於粒子大小、多晶型、殘留溶劑、濕度等等因素。因此待測物光譜的鑒定不可能直接與參比物質光譜比較後確定，需要通過壹系列樣本的檢測(必須預先知道樣本中相關成分的含量或樣本的定性歸屬)，運用化學計算學手段，建立樣本與信息之間的數學模型。運用該模型即可以對未知樣本(例如新近購進的原藥材或新生產的成品等)進行辨別分析(給出結果：合格與否、含量多少等)。該方法為非破壞性方法，可實現產品的無損檢測，具有檢測速度快，操作簡單，所需樣品少，適宜於液體、固體、粘稠流體的分析及過程控制等優點。但是在進行定性定量分析中必須采用壹定的數據處理，需要掌握壹定的化學計量知識。
熒光光譜
中藥註射劑常含熒光性物質，但因不同註射劑所含具體熒光性物質不同，同種註射劑又因廠家的具體配方的差異或制備工藝條件的波動，均會使其特征的熒光激發、發射光譜不同或其強度呈現差異；根據註射劑的熒光圖譜的差異達到快速鑒別、認定和控制配方、工藝的目的。
熒光光譜不像紅外光譜那樣具有明顯的指紋特征，但具有高靈敏度的顯著優勢，且差異更為壹目了然，易於判斷，因此，可以作為紅外光譜指紋技術的壹種補充，用於中藥註射液的鑒別和認定，以及生產工藝的控制和成藥熱穩定性研究等。 色譜指紋圖譜最實用、應用也是最廣泛。中藥色譜指紋圖譜是壹種綜合的、可量化的鑒別手段，是當前符合中藥特色的評價中藥真實性、穩定性和壹致性的質量控制模式之壹。色譜指紋圖譜最大的優點是具有分離的功能。
薄層色譜(TLC)指紋圖譜
TLC為傳統的定性、半定量分析方法，在中國“七五”、十壹五”及“九五”公關課題中有大量采用薄層色譜法進行地道藥材的定性鑒別。該法操作簡單、分析速度快速、壹次分析樣品多，提供信息量大，用固定波長對薄層展開的各個斑點進行掃描，所得掃描圖譜比目測的層析圖譜更加客觀準確，因此具有較好的指紋鑒別意義。其最大的缺點是重現性以及精密度差，所以在指紋圖譜應用中受到限制，但可以作為中藥指紋圖譜研究的借鑒和補充。
氣相色譜(GC)指紋圖譜
中藥指紋圖譜技術
GC最適合於各種主含易揮發性成分藥材及其制劑的分析，尤其是毛細管氣相色譜法，分辨率很高，往往壹個色譜可以分出百個成分。該法靈敏度高、分離度好，分析速度快，但是分析範圍只是局限於低沸點成分，是指紋圖譜研究的主要方法之壹。
高效液相色譜(HPLC)指紋圖譜
HPLC適用於成分復雜而不易分離的分析對象，具有分離效能高，靈敏度高，分析速度快，不需要氣化，檢測手段多等優點，是目前指紋圖譜技術中用途最廣泛的壹種方法。
高速逆流色譜(HSCCC)指紋圖譜
HSCCC是當前國際流行的新型的液-液分配技術。應用動態液壹液分配原理，利用相對移動互不混溶的兩相溶劑，在處於動態平衡的兩相中將具有不同分配比的樣品組分離。其特點是不用固相載體作固定相，克服了樣品吸附、損失、峰形拖尾問題。操作更為簡便，容易掌握。對樣品的預處理要求低，僅需壹般粗提物即可。該技術的回收率高，能實現梯度操作，亦能重復進樣，在中藥質量分析控制研究中，尤其在指紋圖譜研究中有較好的應用前景。
毛細管電泳(CE)指紋圖譜
毛細管電泳(CE)又叫高效毛細管電泳(HPCE)，以彈性石英毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，依據樣品中各組分之間淌度和分配行為的差異而實現分離的電泳分離分析方法，是近年發展起來的壹種新的分離技術，是電泳技術和層析技術結合的產物，兼有高壓電泳的高速高分辨率及HPLC的高效率等特點，其選擇性與高效液相有很大的互補性。因此在指紋圖譜研究方面的應用越來越廣泛。
聯用技術 由於中藥復方制劑成分復雜，現行的各種單壹測定方法給出信息少均無法建立較完善的指紋圖譜，因而有人提出建立多維指紋譜嘗試解決這壹問題。所謂多維，即采用多種分析儀器聯用的模式來測定指紋圖譜，各譜圖間相互補充信息，可對復雜供識品有更清晰完整的認識。目前最常用的是高效液相（或氣相色譜）/二極管陣列檢測器/質譜/質譜聯用方式 (HPLC或GC/ DAD/ MS/ MS) 所得的多維指紋圖譜。多維譜的建立既能較系統、較完整地解決中藥復方制劑質量控制的難題，又為中藥研究中缺乏標準品的難題提供了種新的解決途徑。除了手性化合物外，從概率上要找出4個或以上圖譜信息完全相同的化合物幾乎是不可能的。 隨著分子生物學技術的迅速發展，DNA分子技術己越來越多的用於中藥材品種鑒別的研究。分子生物指紋圖譜是指采用分子標記技術得到的某壹中藥材品種的DNA指紋圖譜。如對於人參、西洋參壹類中藥材的鑒別，用傳統的方法(性狀、顯微、理化等鑒別方法)都顯片面性，結果往往很模糊，因而其產地、生長年限、加工方式等因素與其性狀和成分不呈很強的相關性，但應用分子生物學技術可以迎韌而解。