在西醫治療慢性腸炎中，通常使用抗生素、止瀉藥、解痙劑和調節腸道菌群的藥物。雖然有壹定效果，但是副作用大，容易復發。中醫治療慢性腸炎以補虛澀腸止瀉為原則，標本兼治，療效顯著。大部分患者是可以治愈的，但是和西藥相比，副作用還是很小的。治療慢性腸炎的中成藥有申思丸、固本益腸片、丁口理中丸。
申思丸中所含的補骨脂能補腎陽，暖脾胃；肉豆蔻澀腸止瀉，溫脾暖胃；吳茱萸能祛陰寒，溫脾腎；五味子澀腸止瀉，固腎益氣；大棗健脾養胃。這些藥材功效相同，能溫腎散寒，澀腸止瀉。
現代藥理研究表明，申思丸含有肉豆蔻、補骨脂、五味子、吳茱萸、大棗等藥物成分，具有減緩小腸蠕動、抗應激、止瀉、調節腸道菌群、修復腸道潰瘍面的作用。
臨床上通常用申思丸治療腹瀉頻繁、腸鳴、腹脹、腎陽虛腹瀉、少食後消化不良、腹瀉頻繁、面色發黃、四肢畏寒等癥狀。對潰瘍性結腸炎患者具有良好的治療效果。
固本益腸片中所含的黨參、黃芪、補骨脂為方中主藥，具有溫補脾腎、溫陽止瀉的功效。姜炙山藥、炒白術、麩炒山藥能起到補脾土、散中寒、行運滑腸的作用，有助於主藥更好地發揮作用；酒當歸、炒白芍、醋元胡、煨木香，四味藥合用，能起到散結止痛、理氣活血的作用。兒茶、煆赤石脂、地榆炭能起到澀腸止瀉止血的作用，還能防止主藥過於溫燥；炙甘草可以調節各種藥物。14藥物的相互作用可以健脾、溫腎、澀腸、止瀉。
現代藥理研究表明，固本益腸片中的藥用成分具有增強免疫功能、保肝、利尿、抗衰老、抗應激、降血壓等作用。
臨床上通常用固本益腸片治療脾腎陽虛引起的腹瀉、腹痛、便溏、食欲不振伴粘液及粘液血、腹脹、腰酸乏力、形體冷峻、四肢冰涼等癥。對胃腸消化不良、急慢性胃腸炎有很好的治療作用。
慢性腸炎患者可在醫生指導下，配合三九胃泰或香砂養胃丸使用固本益腸片，效果更佳。
丁口理中丸所含白術、肉桂、黨參，能補中、健脾、養胃、燥濕、利水、養血、生精、溫中散寒；它還配有幹姜，可用於治療胃脘痛，嘔吐和腹瀉，冷飲和哮喘和咳嗽。加入炙甘草調和各種藥物，可以起到很好的健脾和胃、溫中散寒的作用。
現代醫學研究發現，丁口理中丸所含藥物成分具有促進消化、增進食欲、解除胃腸痙攣、促進食糜充分吸收、溫胃健脾的作用，可治療急慢性胃腸炎、胃痛、食積等消化系統廣泛的疾病。
臨床上常用丁口理中丸治療脾胃虛寒、腹絞痛、上吐下瀉、消化不良等癥。對於慢性胃炎、胃及十二指腸潰瘍、慢性腸炎、消化不良患者，治療效果相當好。
治療慢性胃腸炎的中成藥很多，主要有祛濕、和胃、止瀉；疏肝和胃，理氣，減少不良反應，緩解疼痛；健脾、溫中、散寒是三種中成藥。具體應該用什麽樣的中成藥，應該在醫生的指導下使用。