(1)海拔2000米以下的常綠闊葉林帶，以樟科為主，殼鬥科次之，其次是普通潤楠、樟樹、木姜子、峨眉栲、木荷。
(2)海拔2000-2400米之間，為常綠落葉闊葉混交林。常綠喬木主要有白櫟、青岡，落葉喬木有槭樹、樺樹、珙桐等。
(3)為海拔2400-2800米的針闊混交林，樹種為雲南鐵杉、雲南粗榧、復葉槭、白樺、紫椴、紅豆杉、三尖杉、楓楊、南蛇藤等；
(4)亞高山針葉林帶位於海拔2800 ~ 3700米之間，優勢樹種為冷杉；
(5)高山灌叢草甸和高山草甸位於海拔3700米以上。
藥用植物:保護區是藥用植物的寶庫。據調查，共有* * 174科405屬1619種，其中天麻、黃連、朱砂根、楤木、杜仲、黃柏、木瓜、厚樸、烏梅為主要出口藥材。
工業植物:包括木材資源、纖維植物、制革植物、香料油料植物、染料植物、經濟昆蟲寄生植物等。
食用植物:包括澱粉植物、蔬菜植物、食用油植物、維生素植物、真菌植物、飲料植物、香料植物、蜜源植物等。
野生觀賞植物:保護區內觀賞植物豐富，其中以杜鵑花和蘭花分布最廣，品種最多。據調查，保護區內有蘭花30多種，其中最珍貴的有墨蘭、墨蘭、建蘭、齒蘭、朱蘭等。自然保護區裏大約有50種杜鵑花。從春天到秋天，從山谷到山頂，各種杜鵑花輪番爭奇鬥艷，把自然保護區的漫山遍野裝扮成壹個花的世界。
竹類資源:本區竹類資源豐富、多樣、面積大。主要有毛竹、毛竹、毛竹、毛竹、毛竹、龍竹、毛竹、毛竹、箬竹等。竹林分布範圍為海拔1300 ~ 3700米，其覆蓋度壹般高達80%。竹子種群結構的多樣性為大熊貓提供了豐富的食物。
保護區內有珙桐、桫欏、連香樹等國家級保護植物；二級包括水青樹、木瓜紅、銀杏、杜仲、三尖杉等；有三個檔次:櫻草樹、銀雀樹、楠木、麥雕雲杉、竹子、厚樸、山杜鵑、延齡草、天麻等。自然保護區陸棲脊椎動物261種，其中哺乳動物58種，鳥類186種，爬行動物10種，兩棲動物7種，魚類7種。動物群的特征如下:
(1)起源古老，保護區在冰河時期是生物的“避難所”，大熊貓等動物被保存至今；
(2)動物成分復雜，高山多北方成分，低谷多南方成分，地理分布的過渡性現象突出；
(3)特有物種30余種，如哺乳動物中的大熊貓，鳥類中的四川鷓鴣，爬行動物中的康定滑蜥和美姑棘蛇，兩棲動物中的巨冷疣螈和寶興樹蛙，魚類中的裂腹魚和唇跳等。
自然保護區的野生動物主要是橫斷山區的喜馬拉雅物種，代表動物有大熊貓、金絲猴、叉角羚等。其中，大熊貓約有30至40只，占小涼山大熊貓野生種群的三分之二，主要棲息在吉米伊沫、伊拉、涅什覺、瑪依布西溝、果色拉達、格格拉達、尼別依吉等溝壑系統的林地中。此外，自然保護區內還有許多珍稀保護動物，如四川鷓鴣、小熊貓、血雉、紅腹雉等，其中有9種是國家壹級保護動物，包括大熊貓、瞪羚、雲豹、金錢豹、綠尾雉、灰腹雉、四川雉雞等。二級保護動物38種，有獼猴、獼猴、小熊貓、金貓、巖羊、黑斑羚、水鹿、林麝、白腹錦雞、紅腹錦雞、白鷴、大鯢等。
國家壹級保護動物——綠尾雉
雞肉訂單，野雞。體長76 ~ 81 cm。雄鳥頭部有向後翹起的冠羽，呈綠色，有藍紫色金屬反光；後頸、頸側、上背為金屬紫銅色；腰背部和尾部大部分是金屬綠色；下半身是純黑色。雌體深色，後腰白色，尾羽有灰褐色和深褐色橫斑。
綠尾雉生活在海拔4000米左右的高山草甸、灌木或裸露的巖石上，通常壹雄壹雌活動。早上或晚上出來覓食，主食植物是嫩葉和莖，尤其是貝母的鱗莖。4 ~ 5月進入繁殖期，每窩產卵3 ~ 5枚，孵化期25 ~ 26天。綠尾雉是壹種留鳥。
雉雞——國家壹級保護動物
雞肉訂單，野雞。體長約60厘米。頭部為黑色，有橙紅色和黑色的冠；脖子是紅色的，上半身其余部分布滿白色和栗色的眼斑；腹部呈煙灰色。翅膀短而圓，雄鳥每只眼睛上方有壹個肉質的角狀突起。面部和喉部為裸皮黃色，喉部皮膚邊緣為淡藍色。
山雞生活在海拔3000米左右的山區，常見於森林中的灌木叢中，是壹種留鳥。
小熊貓——國家二級保護動物
食肉目，熊科，也被稱為金狗。像家貓壹樣又肥又壯，卻比貓還胖；體長40 ~ 63厘米，尾長超過體長的壹半。頭短而寬，吻部突出，臉圓，兩頰有白斑，耳朵大而直立，全身被紅褐色長毛，四肢短而粗呈黑褐色；尾巴長而粗，夾雜著環。
小熊貓生活在2000米左右的高山叢林中，棲息地是河谷和盆地附近的起伏地帶。早晚外出覓食，白天躲在山洞或樹洞休息，三五成群活動。我喜歡吃冷箭竹、大箭竹葉和嫩枝，也吃樹葉、水果和小動物。早春，3-4月發情，5-7月產仔。她懷孕117 ~ 122天，每個孩子生2 ~ 3個寶寶，壹年後成熟。
兩棲爬行動物調查
2005年7月中下旬，對四川馬邊大風頂自然保護區的兩棲爬行動物進行了調查。本次調查共采集兩棲爬行動物17種，隸屬於3目9科。據文獻記載，該自然保護區有兩棲爬行動物27種(亞種)，隸屬於4目12科。其中兩棲動物13種(亞種)，隸屬於2目7科；爬行動物有14種(亞種)，隸屬於2目5科。自然保護區物種組成豐富，無古北界成分，特有種比例高。馬邊縣有9個新記錄物種，大鯢被列入CITES附錄I，大鯢和脆蛇蜥被列入中國瀕危動物紅皮書，大鯢和大鯢是國家二級重點保護野生動物。該自然保護區和四川美姑大風頂自然保護區的兩棲爬行動物索倫森指數為36.7%。