建國初期，有關主管部門主要負責人曾企圖以西醫的科學標準、原理來代替、改造中醫。1951年頒布的中醫進修的《規定》和1952年頒布的《考試暫行辦法》，與日本明治維新時期在取締中醫合法地位之前，先通過《醫師學術考試規則》強制改造漢醫，使漢醫人員西醫化的做法完全相同，而且連規定的考試課目也幾乎完全壹樣。可見，當時提出的所謂“中醫科學化”的矛頭是直指中醫的理論，其目的是要借“西化”來取代中醫的科學原理。這是對中醫在學術上的釜底抽薪、斷根絕源的扼殺。
1954年，中央人民政府嚴厲地批評了這種歧視、排斥中醫的傾向和壹些人的宗派主義觀點，取消了對中醫從業人員不合理的“進修”、“考試”規定，端正了“團結中西醫”的方針，使中醫受到應有的保護和支持。
毛澤東同誌壹貫重視中國傳統文化的繼承與發揚工作，他始終主張“中學為體，西學為用”，反對硬搬西洋的東西，更反對“全盤西化”。
1953年他在中***中央政治局會議上高度評價了中醫，認為“中國對世界有大貢獻的，我看中醫是壹項”。他指出，“看不起中醫是不對的……西醫也有唯心論。中西醫壹定要團結，西醫壹定要打破宗派主義”。
1954年7月，毛澤東又壹次指出：“真理的標準是實踐”，中醫“行之有效，這就是真理”。“對中醫舉行考試，內容有生理、病理等課程，考不及格就不發給證書……還有中醫條例，中醫進不了醫院等”，都是未真正貫徹“團結中西醫”方針的錯誤。
按照“中體西用”的思想，他當時對西醫學習中醫的理解是：“最重要的是首先要西醫學中醫，而不是中醫學西醫”，西醫“應當抱著很虛心的態度”，“因為經過學習與提高，就可以把中西醫界限取消，成為中國統壹的醫學，以貢獻於全世界”。
1958年10月11日，毛澤東同誌對衛生部黨組“關於組織西醫離職學習中醫班總結報告”作了壹次重要的批示：“今後舉辦西醫離職學習中醫的學習班，由各省、市、自治區黨委領導負責辦理。我看如能在1958年每個省、市、自治區各辦壹個70～80人的西醫離職學習班，以兩年為期，則在1960年冬或1961年春，我們就有大約2000名這樣的中西醫結合的高級醫生，其中可能出幾個高明的理論家。此事情與徐運北同誌壹商，替中央寫個簡短的指示，將衛生部的報告轉發給地方黨委，請他們加以研究遵照辦理。指示中要指出這是壹件大事，不可等閑視之。中國醫藥學是壹個偉大的寶庫，應當努力發掘，加以提高。指示和附件發出後，可在《人民日報》發表。”
1958年11月18日的《人民日報》社論中，對上述精神畫龍點睛地強調說：“我國的民族醫學遺產是壹個偉大的寶庫，必須組織西醫人員認真學習，繼續努力加以發掘提高。”並提出這是“壹項嚴重的政治任務”，要“進壹步開展西醫學習中醫運動”。
什麽是中西醫結合？
經過40多年來的實踐，這似乎不應該再成問題，但由於漢字的特點，“醫”可以有多種解釋，它既可以是“醫生”，也可以是“醫治”，還可以是“醫學”。所以有人認為中西醫結合就是中醫生與西醫生的團結合作，有人認為是合用中西兩法治療。
中西醫工作人員的團結合作當然重要，它是中西醫結合的先決條件，只有中醫與西醫團結合作，互相學習，取長補短，才可能有中西醫學的結合，但單純中西醫工作人員的團結合作不直接等於中西醫結合。
合用中西兩法治療以求得到既高於中醫治療也高於西醫治療的效果是中西醫結合的初步做法。應該承認，這種做法最容易被人認可和接受。在國內，中西醫結合之所以受到許多病人的歡迎正是由於療效，在西方國家目前也出現類似情況。美國把西醫以外的醫學稱為替補醫學（complementary and alternative medicine, cam），主要包括草藥、針灸、按摩、脊柱按摩、氣功、瑜珈等。據2004年夏美國國家衛生院cam中心的報道，對美國50個州成年人的抽樣調查結果顯示，在2002年的12個月中成年人有36.0%用過cam，其中55%的人的理由是cam與常規西醫治療合用能增進健康。不過，中西兩法的簡單相加並非真正意義上的中西醫結合，但往往是中西醫有機結合的先導。
對中西醫結合的正確理解顯然是指“醫學”而言，因為中西醫結合的提出是與“中國醫藥學是壹個偉大的寶庫，應當努力發掘，加以提高”的論斷有著密切聯系的，而且中西醫結合的目標是“創造我國統壹的新醫學新藥學”。中西醫能否結合？
中醫學和西醫學是在不同的時代和文化背景下形成和發展的，在觀點、方法和手段上都有很大不同，從理論到實踐各成體系，於是便有人懷疑其結合的可能性。在醫學發展史上，確有不同體系無法結合的事例。宗教化的蓋倫醫學與以科學實驗為基礎的近代西醫學便是彼此排斥、無法結合的，前者不允許後者存在，只有淘汰了前者，後者才得以發展。宗教化的蓋倫醫學遵循的是經院哲學，充斥著迷信和愚昧，其結果是造成烈性傳染病的大流行和大批病人的死亡，而中醫學則以樸素的唯物論和辯證法為指導，概括和總結了防治疾病的實踐經驗。中醫學與現代西醫學是互補的，結合在壹起能促進醫學的發展。
有人認為中西醫學研究的對象不同，所以不能結合。因為中醫研究的是“形上屬性（證候）的人”，西醫研究的是“形下屬性（組織器官、細胞、分子）的人”，這兩種研究對象是“不可通約的”。中醫依賴系統方法，西醫依賴還原方法，這是研究對象對研究方法的必然選擇，這兩種研究方法也是“不可通約的”。這個推論關系到中西醫能否結合的根本問題，有必要予以探討。首先，它混淆了對象與觀點、方法、手段的概念。研究對象是指研究中觀察和思考的客體，它是獨立於研究者而客觀存在的。至於觀點、方法和手段，則取決於研究者所處的歷史條件、哲學思想、科學技術和生產水平。同壹方法可以用來研究不同的對象，同壹對象也可用不同的方法來研究。無論是中醫學還是西醫學都是醫學，總歸離不開研究人類生命過程。所以，從根本上說，中醫學和西醫學是相通的，不存在因研究對象不同而不能結合的問題。其次是關於系統方法與還原方法“不可通約的”問題。有人壹說到西醫學便是細胞病理學、局部定位思想、微生物學和特異性病因觀念，壹說到中醫學的研究方法便是系統論，並強調在中醫學中早已包含系統論的合理內核，是世界上首先把系統方法成功地運用於醫學之中。其實，現代的系統論源於西方，早已在現代醫學發展中起到重要的作用。神經-內分泌學說、穩態學說、應激學說、受體學說以及免疫學、環境醫學、身心醫學、社會醫學等學科的建立與發展，以及生物醫學模式向生物-心理-社會醫學模式的轉變，無不說明西醫學已經越來越註意系統方法的應用。
系統論是20世紀中葉才形成的，用於現代醫學時間不長，但卻取得了許多可喜的成果。在中醫學研究中運用系統論也至少有二三十年了，但迄今仍基本上停留在闡述中醫學中有系統論的“原始思想”、“雛形”或“合理內核”，這除了贊嘆我們祖先的聰明才智之外，究竟使中醫學取得了多少實質性的進展，是壹個值得深思的問題。關於中西醫結合的方法論
系統方法是將所要研究的對象作為壹個系統整體來對待，著重從系統的整體與組成系統的要素、要素與要素、系統與環境之間的相互作用、相互聯系的關系中，綜合地考察對象，以達到全面、精確地了解對象，並對問題做最佳處理的方法。是綜合研究和處理有關對象整體聯系的方法。
還原方法是從高到低、向下進行研究的，其實質就是分析。近代科學的形成和發展主要通過實驗方法，特別是分析方法的運用。其特點是從部分了解整體，從微觀了解宏觀，從低級運動了解高級運動，把研究對象分解為若幹部分，壹部分壹部分地去認識其細節，使科學研究大為深化，走向精確和嚴格的道路。
特別需要明確的是，還原論與系統論、分析和綜合，絕非彼此排斥、互不相容。現代科學的方法論由還原分析轉向系統綜合，僅僅是對還原論的辯證否定，而不是完全拋棄。還原論與系統論都重視整體與部分的內在聯系，強調人體和疾病不脫離壹般的物理、化學規律，因而必須進行分解和還原。但還原論認識的重點在部分，忽略整體性；系統論認識的重點在整體，強調從整體出發認識諸部分。還原論過分強調部分對整體的基礎決定作用，片面強調“向下”的認識途徑；系統論則強調“向下”和“向上”兩種認識途徑，即壹方面肯定部分對整體的基礎決定作用，另壹方面也肯定整體對部分、環境對整體的支配和控制作用。現代科學的系統方法是將還原分析與系統綜合相結合。系統綜合以還原分析為基礎，沒有分析，對組成整體的各要素沒有正確細致的認識，系統綜合就無從談起。
還原分析的方法打開了通往微觀和細節的道路。正是由於還原分析的運用，才有近代科學的發展，才有近代醫學的出現。從20世紀中葉引進了系統論、信息論、控制論以及社會科學等方法，將分析與綜合相結合、靜態與動態相結合、宏觀與微觀相結合、定性與定量相結合，並通過多學科的滲透和新技術的采用，發展了現代醫學。
中醫學雖然具有系統論的思想，但由於沒能吸收近代科學及其方法論的營養，沒有發展必要的分析還原研究，沒有真正打開通向微觀和從微觀了解宏觀的道路，沒有發展必要的實驗研究等，其系統論思想只是系統論的“雛形”或樸素的系統論。所以中醫必須克服上述歷史性缺陷，才能上升到現代科學的系統論。
40多年來，中西醫結合取得了許多重大成果，促進了我國醫學的發展。這些成果，如果用方法論來概括，就是在中醫理法方藥的研究中引入了現代醫學的研究方法。由於這些方法不同於中醫學的整體論和樸素系統論的思想，有時會引起異議，認為中西醫結合偏離了中醫藥體系，擔心“中醫西醫化”。這種顧慮其實是不必要的，有時甚至是自相矛盾的。例如，用免疫學來闡明中醫所說的“正氣”，用穩態學說來解釋“陰平陽秘”，卻只字不提西醫學，似乎免疫學、穩態學說等與西醫學無關。在這類研究中，對免疫學的現代成就和細節、對穩態調控的具體機制（如信使系統、受體系統等）都盡量避開，似乎壹旦深入到具體細節，便有西醫化之虞。這種片面強調整體綜合的做法，實際上是繼續“述而不作”，通過“條辨”的形式以求自我完善。中西醫結合要盡量采用現代醫學的最新知識和技術，以不斷獲得新成果和進展。
更多的非議是來自中西醫結合中還原分析方法的運用。如認為研究中藥必須是復方，必須是辨證用藥，如果是研究單味藥，尤其是分析有效成分，便不是中藥研究。但是青蒿素的發現卻讓這些人為難，既不願承認它是中藥現代化的成果，又無法否認它對世界醫療衛生事業的貢獻。像這類問題，從中西醫結合的角度來看，十分容易解決。中西醫結合的目的是創造新醫學新藥學，從中藥中發現新的有效抗瘧藥，是中醫藥學對人類的新貢獻。當然，中西醫結合研究中藥不只限於單味藥的分析。將分析與綜合相結合進行復方研究和辨證用藥的研究也都有成果問世。