不可否認，古代中醫確實是壹種經驗的醫學，沒有更加科學的東西去論證它的療效及療效的合理性。但任何壹門醫學（包括中醫學）都具有吸收同時代科技精華的特質，中醫在很長壹段時間進步很慢也跟中國長期處於農業社會科技進步很慢密切相關，既然科學已經席卷了全球，中醫沒有必要拒絕吸收當代的各種科學精華，“吸其精華，棄其糟粕”本來就是傳統中醫賴以生存的國家的壹種哲學觀。同時試圖把醫學純科學化，認為醫學只是純粹的科學，這種極端的觀點也是行不通的，科學只是醫學的壹個重要組成部分，它能幫助醫學快速走向進步，但醫學同時還包含有人文學的東西，那種以為只需要依靠冷冰冰的檢測儀器和藥物與疾病壹對壹的準確無誤的治療的觀點是極端錯誤的。
包括方舟子在內的很多人批評中醫，總喜歡拿西方主流的醫學觀點進行批評，但他們卻從不敢提當代主流中醫是什麽樣的觀點，這是壹種錯位的批評，拿西方主流的醫學觀點批評早已被中醫自己所摒棄了的糟粕。如方舟子批評中醫時經常舉例早已被當代中醫所摒棄了的《本草綱目》中壹些可笑的治療方法：往尿床的地方倒壹碗熱飯，拌壹拌，偷偷地讓尿床的人吃這碗尿飯。（以熱飯壹盞，傾尿床處，拌與食之，勿令病者知。）我相信現代所有學過中醫的人都不會這樣做，在其大學的學習過程中也根本就沒學到過這些糟粕，因為這種受到時代的局限性所出現的可笑的治療方法隨著人們認識的逐漸提升早已被拋棄了。我們永遠不應該因為現在使用的先進的電子書而去嘲笑古代發明的造紙印刷術。
很多現代醫學正在應用的東西並不天然就是西醫的，現代中醫也可以“拿來”所用，不能中醫壹說CT和核磁***振檢查就立刻反應這是西醫的，其實CT和核磁***振並不是專門為現代醫學所研制的，他們在其他學科有著更為廣泛的應用，如CT除了應用於醫學領域外，還有地球物理CT、工業CT等，核磁***振除了應用於醫學領域外，還有運用核磁***振探測技術進行地質勘探、 運用核磁***振譜進行分子結構的測定等等。統計學更是壹門獨立的學科，可廣泛應用於社會發展與評價、持續發展與環境保護、資源保護與利用、電子商務、保險精算、金融業數據庫建設與風險管理、宏觀經濟監測與預測、政府統計數據收集與質量保證等、分子生物學中的統計方法、高科技農業研究中的統計方法、生物制藥技術中的統計方法、流行病規律研究與探索的統計方法、人類染色體工程研究中的統計方法、質量與可靠性工程等領域。為什麽壹旦中醫拿來為己所用，這些批評中醫的人不視為是中醫的壹種進步，卻認為是“欺師滅祖”、“數典忘祖”，是剽竊西醫？簡直是豈有此理。
比如批評中醫只是經驗的醫學，沒有科學的研究方法，我們就應該檢索當代主流中醫核心期刊的文獻，看看中醫到底是不是真的從來沒有科學的研究方法。其實通過檢索我們不難發現，中醫跟現代醫學壹樣在應用吸收當代各種先進的基礎和臨床研究方法，不但有大量的隨機對照臨床研究文獻，還有很多循證醫學的研究文獻，高質量的論文依然是逐年增多。
目前全國各大中醫院校都開設有臨床流行病學、醫學統計學和循證醫學課程，各大中醫院校也花重金在國際國內引進了頂尖的流行病學專家、醫學統計學專家，我們普通醫生每年都要進行臨床流行病學、醫學統計學和循證醫學的繼續教育培訓，這些研究方法並非如反中醫人士所認為的離中醫很遠很遠。頂級的中醫課題研究如973項目、國家十壹五重點攻關項目和自然基金項目，在研究方法上的要求從來都是中醫、西醫壹個標準的。但是我們應該充分的認識到隨機對照研究固然是驗證壹種治療方法的金標準，依然有其不可避免的局限性，所以即使高度科學化了的現代醫學，也不得不尋求其他非金標準的研究方法，這些研究有問卷調查、病例對照研究、隊列研究，即使是專家意見和病例報告這些被某些批評中醫的人士認為不科學的臨床研究方法也並沒有被完全拋棄。
包括方舟子在內的很多批評中醫的人士還喜歡批評中醫藥物的作用是模糊不清的，都是臆測的，都是有毒的，他們不知道，在現在全國各大中醫院校中也同樣設置有中藥學院，中藥學院裏面還設置有中藥藥理學、中藥毒理學等各種現代藥物研究學科，這些專業人員終生從事的都是中藥藥理學和毒理學的分析，怎麽可能只是臆測其實是壹無所知呢？只是因為中藥本身就浩如煙海，而且每種中藥都包含有多種成分，這種研究進展比較慢而已。還有壹個我們不得不承認的現實是每年因為使用西藥所導致的毒副作用的人數遠遠大於中藥所導致的不良後果。
現代的主流中醫絕不像方舟子之流所批評的那樣只有經驗沒有研究，只有愚昧沒有科學。也希望他們批評中醫時，既然依據的是現代醫學的主流觀點，批評的對象就應該是當代中醫的主流觀點。而不應該通過歪曲中醫，偷換概念，設定壹個根本就不存在的虛構的可笑的“事實”進行批評。如張悟本、馬悅淩根本就不是中醫，《本草綱目》中的糟粕部分也根本不是中醫的全部，至於“坐月子”只是壹種民風民俗，其起源可能跟中醫毫無關系，現代中醫對其所起的作用應該是改良和凈化。
這種錯位的批評固然能給某些人博來大量的眼球，但這種批評是不公平的，是對中醫的詆毀和汙蔑，不管是對中醫從業人員還是尋求中醫治療的人都是不公平的，更會阻礙中醫更好更健康更科學的發展。