中藥成分多為鞣質，與牛奶混合對藥物吸收和胃腸道有害。而且酸奶不是每個人都能喝的。
胃腸手術後的病人
胃大部切除術後短時間內不宜喝酸奶，因為患者已經喪失了加工食糜的能力。如果他吃了富含營養的流質和半流質食物，會迅速進入小腸，引起空腸腫脹，病人會立即出現嘔吐、痙攣、腹瀉、頭暈和極度虛弱。
腹瀉或其他影響腸道功能的疾病
壹次腸道損傷就會失去大部分乳糖酶，會讓那些對乳制品消化吸收良好的人變得乳糖不耐受，加重腹瀉。酸奶雖然是乳酸菌發酵的，但是其中的乳糖會殘留50%左右，所以建議這類患者慎用酸奶。
牛奶過敏
有的寶寶對牛奶、雞蛋等食物中的某些蛋白質成分過敏，出現腸絞痛、嘔吐、煩躁不安、呼吸困難或皮膚過敏反應(常為濕疹)，甚至休克。還有壹些嬰兒的牛奶過敏表現為貧血，這是由於攝入牛奶引起的不明顯的腸道出血，出血往往需要幾個月才能引起家長的註意。所以對牛奶過敏的人往往不適合喝酸奶。
糖尿病患者
酸奶在制作過程中，會加入蔗糖作為發酵促進劑，有時還會用各種糖漿調味。因此，糖尿病患者在選擇酸奶時要特別註意:只能選擇那些用代糖制成的“無糖酸奶”，並遵循營養醫生的推薦量。
劉艷萍特別提醒消費者，吃酸奶要註意:不要空腹喝酸奶，飯後2小時喝，保健功能更好；酸奶不要加熱，否則其營養價值和保健功能會大打折扣；吃完酸奶壹定要漱口，因為酸奶中的乳酸菌對牙齒有腐蝕作用。