1.內科治療
(1)臥床休息和全身支持治療包括液體和電解質平衡，特別是補鉀，低鉀血癥患者要糾正。同時要註意蛋白質的補充，改善全身營養狀況，必要時給予全胃腸外營養支持，貧血者要輸血，胃腸道攝取時盡量避免牛奶和奶制品。
(2)藥物治療①柳氮磺胺吡啶水楊酸制劑為主要治療藥物，如艾迪沙、美沙拉嗪等。②皮質類固醇常用潑尼松或地塞米松，但不認為長期激素維持可以防止復發。急性發作時也可用氫化可的松或地塞米松靜滴，每晚可將氫化可的松加入生理鹽水中保留灌腸。激素治療在急性發作中的價值是肯定的，但對於慢性發作是否應繼續使用激素仍存在分歧。由於其具有壹定的副作用，大多數人不主張長期使用。③免疫抑制劑在潰瘍性直腸炎中的價值值得懷疑。④可采用中藥治療腹瀉型潰瘍性直腸炎，效果理想。同時要註意飲食和生活習慣。
2.外科療法
20% ~ 30%的重度潰瘍性直腸炎患者最終接受了手術治療。
(1)手術適應證急診手術的適應證為:①大量不可控制的出血；(2)中毒性先天性巨結腸伴鄰近或明確穿孔，或中毒性先天性巨結腸經數小時而非數天治療無效；(3)暴發性急性潰瘍性直腸炎對類固醇激素治療無效者，即治療4 ~ 5天仍無改善者；④狹窄性梗阻；(5)疑似或確診結腸癌；⑥難治性潰瘍性直腸炎反復發作，慢性持續癥狀，營養不良，虛弱無力，不能工作，不能參加正常的社會活動和性生活；⑦當類固醇激素劑量減少時，病情會加重，以致數月甚至數年不能停止激素治療；8兒童患慢性結腸炎，影響生長發育時；9嚴重的結腸外表現如關節炎、壞疽性膿皮病或肝膽疾病可能有效。
(2)手術方式的選擇目前潰瘍性直腸炎的手術方式有四種。①全結腸切除和回腸造口術；②全結腸切除術和回直腸吻合術；③可控回腸造口術；④全結直腸切除回腸貯袋肛門吻合術。