1、兩者保護的法律效力不同：專利保護的法律依托是《中華人民***和國專利法》，屬於全國人大常委會正式通過的國家法律，其保護方式是由專利局授予專利保護範圍，通過訴訟程序由法院判定是否侵權，並由法院執行對侵權者的制裁；中藥品種保護的依據是國務院制定的《中藥品種保護條例》，屬於國家法規，其保護方式是由國家衛生行政部門監督管理，采取行政保護措施；
2、被保護者的權利性質不同：專利權屬於知識產權的範疇。所謂知識產權是國際上廣泛承認的壹種特殊的、無形的財產所有權，包括工業產權和版權，工業產權又包括專利權和商標所有權。知識產權在法律概念上具有專有權和財產權的特征。專利保護就是通過對專利申請人授予專利權的形式給予保護，專利權人享有該專利技術的獨占權，即專利權人有獨占使用其專利權的權利，並有限制或許可他人使用其專利權的權利；
3、兩者保護的期限不同：藥品專利保護的期限統壹為二十年；中藥品保護的期限不是統壹的，中藥壹級保護品種分別為三十年、二十年、十年，中藥二級保護品種為七年。
法律依據：《中華人民***和國專利法》第五十九條
發明或者實用新型專利權的保護範圍以其權利要求的內容為準，說明書與附圖可以用於解釋權利要求。