1、擬訂中醫藥和民族醫藥事業發展的戰略、規劃、政策和相關標準，起草有關法律法規和部門規章草案，參與國家重大中醫藥項目的規劃和組織實施。
2、承擔中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任。規劃、指導和協調中醫醫療、科研機構的結構布局及其運行機制的改革。擬訂各類中醫醫療、保健等機構管理規範和技術標準並監督執行。
3、負責監督和協調醫療、研究機構的中西醫結合工作，擬訂有關管理規範和技術標準。
4、負責指導民族醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高工作，擬訂民族醫醫療機構管理規範和技術標準並監督執行。
5、組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用，參與制定中藥產業發展規劃、產業政策和中醫藥的扶持政策，參與國家基本藥物制度建設。
6、組織擬訂中醫藥人才發展規劃，會同有關部門擬訂中醫藥專業技術人員資格標準並組織實施。會同有關部門組織開展中醫藥師承教育、畢業後教育、繼續教育和相關人才培訓工作，參與指導中醫藥教育教學改革，參與擬訂各級各類中醫藥教育發展規劃。
7、擬訂和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，指導中醫藥科研條件和能力建設，管理國家重點中醫藥科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、應用和推廣。
8、承擔保護瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術的責任，組織開展對中醫古籍的整理研究和中醫藥文化的繼承發展，提出保護中醫非物質文化遺產的建議，推動中醫藥防病治病知識普及。
9、組織開展中醫藥國際推廣、應用和傳播工作，開展中醫藥國際交流合作和與港澳臺的中醫藥合作。
10、承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。
中醫藥的基礎理論
1、陰陽學
陰陽學是中國古代哲學範疇。陰陽學說，認為宇宙間任何事物都具有既對立又統壹的陰陽兩個方面，經常不斷地運動和相互作用。這種運動和相互作用，是壹切事物運動變化的根源。古人把這種不斷運動變化，叫做“生化不息”。《素問》陰陽應象大論說：“陰陽者天地之道也，萬物之綱紀，在變化之父母，生殺之本始，神明之府也，故治病必求於本”。闡明了宇宙間壹切事物的生長、發展和消亡，都是事物陰陽兩個方面不斷運動和相互作用的結果。因而，陰陽學說也就成為認識和掌握自然界規律的壹種思想方法。
醫學屬於自然科學範圍，認為人體生理活動，疾病的發生發展，也超越不出陰陽這個道理。因此，我們想要掌握疾病的發展過程，探求疾病的本質，從而獲得滿意療效，就必須探求人體的陰陽變化情況。
2、五行學說
五行學說是用木、火、土、金、水五個哲學範疇，來概括客觀世界中的不同事物屬性，並用五行相生相克的動態模式，來說明事物間的相互聯系和轉化規律。“五行學說”是指這五類物質的運動變化，以及它們之間的相互關系，以相生、相克作為解釋事物之間相互關聯及運動變化規律的說理工具。中醫主要用五行學說闡述五臟六腑間的功能聯系以及臟腑失衡時疾病發生的機理，也用以指導臟腑疾病的治療。
3、運氣學說
又稱五運六氣，是研究、探索自然界天文、氣象、氣候變化對人體健康和疾病的影響的學說。五運包括木運、火運、土運、金運和水運，指自然界壹年中春、夏、長夏、秋、冬的季候循環。六氣則是壹年四季中風、寒、暑、濕、燥、火六種氣候因子。運氣學說是根據天文歷法參數推算年度氣候變化和疾病發生規律。
4、臟腑學說
臟腑學說主要研究五臟（心、肝、脾、肺、腎）、六腑（小腸、大腸、胃、膀胱、膽、三焦）和奇恒之腑（腦、髓、骨、脈、膽、女子胞）的生理功能和病理變化。
5、經絡學說
經絡學說與臟腑學說密切相關。經絡是人體內運行氣血的通道，有溝通內外，網絡全身的作用。在病理情況下，經絡系統功能發生變化，會呈現相應的癥狀和體征，通過這些表現，可以診斷體內臟腑疾病。