由於支原體也屬於人體壹種正常的寄生菌，所以人類的泌尿生殖道內都會存在壹定數量的支原體，因此如果在體檢或婚檢中只查出支原體呈陽性，但本身卻沒有任何不適癥狀出現，且在半年內也不考慮要寶寶的話則是可以不用治療的，只需註意做好個人清潔衛生、進行有保護的性生活就好。
有癥狀的支原體感染患者優先使用敏感的抗生素治療
若在檢查時查出支原體呈陽性，並且平時還有不適癥狀出現的話，如男性有尿道刺痛、尿頻、尿道口紅腫、有分泌物等癥狀，女性有白帶增多、渾濁、陰道紅腫、瘙癢的癥狀，則可以在藥敏試驗的檢測下，優選選擇敏感的抗生素來治療，常用的抗生素有喹諾酮類、四環素類和大環內酯類等。壹般在治療時患者需服用3~7天，停藥壹個星期後可以去復查，若支原體轉陰且無不適癥狀，則表示已經治愈，若支原體仍是陽性或仍然有不適的癥狀出現，則需更換治療藥物或選擇其他方法來治療。
癥狀反復發作或合並感染其他泌尿生殖系統疾病的支原體感染的患者可考慮使用中藥治療
對於那些在治療時沒有註意避免感染源，導致疾病久治難愈，或因為用抗生素產生了耐藥性，或合並感染了其他泌尿生殖系疾病的患者而言，若還是選擇用抗生素來治療的話是難以取得理想的效果的，這種情況下采用中藥來治療效果會更好，因為壹方面中藥可以對人體進行全面的調理，從而能夠取得標本兼治的效果
另壹方面，中藥治療不會產生抗藥性、耐藥性等副作用。因此男性支原體感染的患者或女性支原體感染後合並有泌尿系統疾病的患者，可以選擇具有清熱解毒、活血行氣止痛和利尿通淋功效的專利中藥利尿消炎丸來治療，而支原體感染的女性患者或合並有生殖系統疾病的，可以采用具有清熱解毒、活血化瘀和健脾利濕的中藥婦炎丸來治療。
支原體感染吃什麽藥效果好可以吃中藥嗎？要根據患者的具體病情而定，當然，吃藥只是壹方面，因為支原體感染具有傳染性，所以患者要想能夠徹底地擺脫此病，那麽在治療時還要註意清潔衛生，若有伴侶，還需攜伴侶壹同檢查治療，以免引起交叉感染或二次感染。