(1)不恰當的介紹使得很多藥材不地道。天然藥物的來源和產地不同，質量和療效也不同。對道地藥材進行系統研究的結果表明，不同產地藥材的質量與其所含的藥用物質基礎密切相關。傳統上用“道地藥材”來區分藥用植物的好壞，這與天然藥物強調的產地概念是壹致的，是有科學依據的。人工種植的道地藥材來源於野生藥材。在人為的控制下，植物的生態條件發生了變化，使植物逐漸變異，代代相傳，使得許多藥用植物的遺傳特性與野生藥材部分或完全不同。比如東北著名的道地藥材“關防風”，由於長期大規模采挖，野生產量有所下降，但消費量卻在增加。以前不產防風的壹些地區看到有利可圖，就引進栽培。由於生態條件的變化，其代謝類型也發生了變化，大大降低了防風藥材的品質。
(2)盲目擴大種植面積。壹方面，許多品種的藥材通過采集野生資源已經不能滿足市場需求；另壹方面，農村正在進行產業調整，部分農民棄糧種藥材，使得藥材生產發展迅速。盲目種植導致生產過剩，不僅導致市場混亂和價格波動，也嚴重影響醫藥產品的質量。在眾多種類的藥材中，價格的大起大落並非個別現象，常用的大宗藥材質量普遍下降。我們應該記住盲目擴大藥材種植面積的歷史和現實教訓。此外，按照GAP生產建設基地，存在片面追求數量和產量的傾向。很少有人考慮基地是否適合種植這些藥材，而忽略了土壤和水中重金屬和農藥殘留的檢測。
(3)缺乏科學性的藥用植物的栽培生產技術和采收在壹定的生態和自然條件下生長發育，產生代謝產物，其田間生產技術是形成優質藥材的重要條件之壹。GAP生產應總結藥農的傳統經驗，使之理論化、科學化、系統化，進而指導藥用植物的生產實踐。藥用植物有效成分的形成和積累需要壹定的生長階段或生長周期，如田間管理，尤其是施肥。藥材的季節、方法、炮制都是影響藥材質量的重要因素。如果不對藥材進行科學施肥、適時采收和適當加工，藥用植物的質量就會很差。比如種植兩年采收的烏拉爾甘草，達不到收購的要求，但內在質量難以達到質量要求，甘草酸含量很低，達不到藥典規定的要求。
(4)病蟲害種類多，危害大，損失大。由於藥材種類繁多，壹株藥用植物往往會受到多種病蟲害的危害，所以病蟲害種類繁多。比如枸杞在栽培過程中受到十幾種病蟲害的侵害，如果不采取防治措施，顆粒無收；河南西峽、陜西商洛等地的山茱萸蛀果率壹般在20%左右。山東平邑十幾年來金銀花的幹損率在60%以上。我國西洋參黑斑病的發病率常年在20% ~ 30%，是人參根和種子大幅減產的主要原因。人參銹病造成減產30%左右，直接影響產量和商品價值。由於葉枯病的危害，黑龍江省龍膽栽培面積逐年減少。甘草銹病是新疆甘草栽培中的壹種毀滅性病害。病蟲害的發生導致了農藥的濫用和中藥材農藥及重金屬殘留超標，嚴重制約了藥用植物的規模化種植和標準化生產。