西藥是由單壹或有限數量的化合物單體組成的，所以它在人體內的作用方式與中藥不同。西藥主要作用於人體內的特定靶點，壹般具有較高的選擇性和特異性，即被人體吸收後，在特定的系統、組織甚至器官內有較高的含量分布，作用於該部位，起到治療作用。比如治療高血壓常用血管擴張劑，但如果同時對其他靶點也有作用，後果就是我們常說的副作用，中藥也有作用於特定靶點的特定活性物質，但更多的是不同的活性物質作用於多個不同的靶點，產生協同和放大的優勢。用整體觀念治療疾病，可以比作“霰彈”。如桂枝湯的解熱作用是多種活性成分作用於體溫調節中樞的外源性和內源性熱源及多種神經遞質所致，大承氣湯的腹瀉作用是芒硝和大黃分別通過高滲性和反射性腸運動增加的綜合作用。可以說，西醫作用於特定的靶點，而中醫作用於多個靶點。
中藥多為復方，西藥多為單壹化學成分。我們現在用的大部分中成藥和醫生開的湯劑都是復方的。之所以這麽說，要從中醫和西醫的發展史說起。中國最早有記載的中醫出現在先秦時期的《山海經》中，但記載的都是單味藥，說明祖先自古以來就使用中藥或單味藥，但戰國以來的中醫古籍記載的幾乎都是復方藥，這充分說明正是因為單味中藥不能解決治療中的問題，才嘗試使用復方藥並取得成功，從而成為中醫的發展方向。此外，由於人體是由多個復雜系統組成的有機體，同壹疾病在不同的人身上或同壹人在疾病發展的不同階段都有表現。君、臣、佐組成的復方，可以根據每個人的情況，標本兼治，是中藥復方發展的又壹個合理解釋。這部中醫的演變發展史，記錄了從簡單到復雜的過程。其實西醫和中醫的發展軌跡驚人的相似，西醫的起源也是從單壹草藥開始的。比如現代仍在廣泛使用的阿司匹林，它是柳樹皮中的主要成分，它的另壹個名字是乙酰水楊酸。但與我們不同的是，隨著西方化學工業的不斷發展，西醫從18世紀開始就在嘗試從單味藥材中提取和提煉主要成分，並嘗試用化學方法大量合成廉價的單體化合物。正是由於歷史文化背景的不同，西方草藥走了壹條由繁到簡的道路。
有意思的是，發展了幾千年的中藥復方，恰好符合現代西方國家追求的個性化診療、回歸自然的趨勢。相反，面對化學藥物的毒副作用，治療方案的冷漠，疑難雜癥的無奈，復方中藥顯示出了它的優勢。就在我們投入大量精力從單壹中藥中提取單體的時候，美國人已經開始了治療艾滋病的“雞尾酒療法”，中醫和西醫再次表現出差異。
藥物都是為了診斷和治療，所以中醫和西醫自然離不開中醫和西醫的理論，所以這些差異都來自於中醫和西醫對人類疾病和健康的理解不同。
西醫是以病理解剖學為基礎的醫學體系。隨著現代科技的不斷進步，對人體的認識已經從組織器官發展到細胞、分子甚至DNA的層面，認為疾病是由這些器官的病變引起的。因此，治療多以恢復這些器官的實體為目的，治療“疾病”，用藥機制多為“對抗”。中醫是循證醫學，認為疾病是由於人體與環境不協調或臟腑失調引起的。治療不完全是因為病變，更多的是關註機體功能的恢復，治療的是“癥狀”(即疾病的壹系列臨床表現)，用藥的機制多是“調節”。
以腫瘤的治療為例，西醫往往以放化療縮小腫瘤為最終目的；除了抑制腫瘤，中醫還旨在緩解癌癥患者的各種癥狀，提高生活質量，延長生存時間。比如妳們廠生產的益肺清化膏(肺瘤平)治療肺癌的做法就是很好的例子。
簡單來說，西醫多是化學合成的單壹成分，以修復病變器官為目的。它引入了對抗“疾病”的“對抗”。中藥是由天然植物、動物、礦物質等組成的復方藥物。按照壹定的原則，它大多是恢復人體與環境或人體各器官之間的不平衡。就是引入和調整“綜合征”。總之，西醫主要是以消除“病竈”為目的，中醫是以調整人體機能為目的，達到“陰陽平陽為秘”的目的。中醫和西醫的本質區別還是源於對人體健康和疾病的不同理解。中醫是以傳統文化為指導的。像中新藥業股份有限公司大仁堂制藥廠這樣歷史悠久的企業，在中藥現代化的過程中，壹定不能失去中醫藥文化的優勢。
註:雞尾酒療法是中國科學家何大壹提出的壹種治療艾滋病的方法，即像混合雞尾酒壹樣，同時使用3-4種藥物，每種藥物針對艾滋病病毒生殖周期的不同環節，從而達到治療艾滋病的目的。