綜合考慮地理和環境因素來說，總體上上海中醫藥大學要好些，如果妳對中醫感興趣更不用猶豫了。如果是西醫專業，可以考慮下，二者都不是壹流醫學院校，再比較就看各個專業的全國排名。祝妳好運！
壹下是兩個學校的簡介，
福建醫科大學
創建於1937年，其前身是福建省立醫學專科學校。1939年改名為福建省立醫學院。1949年改稱福建醫學院。1969年，與福建中醫學院、華僑大學醫療系合並，成立福建醫科大學。1982年更名為福建醫學院。1996年4月改為現名。
經過70多年的建設發展，學校已形成學士—碩士—博士人才培養體系和“勤奮、嚴謹、求實、創新”優良校風，成為壹所集教學、科研、醫療、預防和社會服務為壹體的省屬醫科大學。2003年，被福建省人民政府確定為重點建設高校。同年以良好的成績通過了教育部本科教學工作水平評估。
學校現有上街、臺江2個校區，占地1300余畝，校舍建築面積37.9萬平方米。學校多次被評為福建省黨建和思想政治工作先進高校、省文明學校、拾依法治校”示範校、拾校務公開”示範校、省計劃生育先進單位、省衛生先進單位、省綠化模範單位和省級花園式單位等。2008年9月，學校被授予“全國教育系統抗震救災先進集體”榮譽稱號。
學校現有19個學院、部，即基礎醫學院、公***衛生學院、藥學院、護理學院、口腔醫學院、醫學技術與工程學院、人文學院、研究生學院、海外教育學院、成人教育學院、職業技術學院、繼續教育學院、第壹臨床醫學院、第二臨床醫學院、協和臨床醫學院、省立臨床醫學院、福總臨床醫學院、海峽學院、和體育教研部；23個本科專業（方向），即臨床醫學（本碩連讀）、臨床醫學、臨床醫學（臨床病理學專業方向）、臨床醫學（急救醫學專業方向）、口腔醫學、醫學檢驗、麻醉學、醫學影像學、臨床醫學(眼與視光學專業方向)、康復治療學、預防醫學、預防醫學(檢驗檢疫專業方向)、預防醫學(婦幼保健專業方向)、護理學、藥學、藥學(臨床藥學專業方向)、藥學(藥物分析專業方向)、藥物制劑、應用心理學、英語、社會工作、公***事業管理(衛生管理專業方向)、公***事業管理(醫院管理專業方向)；博士學位授權點22個，碩士學位授權點59個、專業碩士學位授權點2個。目前，各類在校生20000多人，其中本科生10000多人，博士、碩士生近2000人，本科專業面向全國20個盛直轄市、自治區和港澳臺地區招生。
學校現有教職醫護員工5398人，其中校本部966人。在835名專任教師中，具有研究生學位占58%，高級職稱占55.1%。博士生導師65名，碩士生導師482名。享受國務院特殊津貼專家100人，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選5人，國家有突出貢獻中青年專家4人，衛生部有突出貢獻中青年專家3人，教育部優秀青年教師資助3人，教育部骨幹教師資助8人，福建省優秀專家17人，“福建省百千萬人才工程”人選64人，福建省高校教學名師4人，福建省高校新世紀優秀人才支持計劃人選28人，福建省高校創新團隊2個。
學校有附屬醫院(含臨床醫學院)10所，其中9所綜合性附屬醫院(含臨床醫學院) 均為三級甲等醫院，即附屬第壹醫院、附屬第二醫院、附屬協和醫院、省立臨床醫學院（省立醫院）、福總臨床醫學院（南京軍區福州總醫院）、附屬廈門第壹醫院附屬漳州市醫院、附屬泉州第壹醫院和附屬三明第壹醫院；附屬口腔醫院1 所。此外，有臨床教學醫院26所，形成了比較完善的臨床教學與實踐教學基地網絡。
目前，學校有臨床醫學博士後科研流動站1個，科研機構65個，福建拾211”工程重點學科2個，省重點學科13個，省科技廳優先發展學科8個，學校重點學科6個，省醫學重點專科6個，省領先醫療特色專業5個，省高校重點實驗室3個，承擔著大量的科研任務，成果顯著。學校編輯出版的學術刊物《福建醫科大學學報》、《福建醫科大學學報（社科版）》、《中華高血壓雜誌》和《心血管康復醫學雜誌》等，面向國內外公開發行。學校圖書館面積25233平方米，圖書、資料153萬冊，是福建省醫學圖書中心館。
“十壹五”期間，我校將以黨的十七大精神為指導，推進學校新壹輪發展，成為辦學規模適度，學科結構合理，辦學層次較高，整體實力較強；以普通本科教育為主，加快發展研究生教育和長學制醫學教育；以醫學為主，理學、管理學、法學等多學科協調發展的教學研究型省屬重點醫科大學，成為海峽西岸高級醫藥衛生人才主要培養基地、醫學科學研究中心和醫療預防保健中心，跨入國內同類高校的先進行列。
上海中醫藥大學
創立於1956年，是新中國誕生後國家首批建立的四所中醫高等院校之壹。1993年上海中醫學院更名為“上海中醫藥大學”，是全國高等中醫院校中最早升格為大學的院校之壹。2000年原上海醫學高等專科學校並入我校。2003年為實施上海市高校布局調整規劃，學校整體搬遷至浦東張江高科技園區，成為“張江藥谷”的重要組成部分。
學校各類在校生有7400余人，其中博士生349人、碩士生827人、本專科生（包括高職）4671人，成人教育987人，長期外國留學生588人，短期留學生每年600余人次，境外學生占本科人數總數達13.26％。
學校設有19個二級學院及部、中心，5所附屬醫院，19家醫教研聯合體醫院，14個附屬及***建研究所，9個研究中心；擁有中醫學、中西醫結合醫學、中藥學3個壹級學科博士學位授予權，15個博士點，23個碩士點，3個博士後流動站，博士學位授予專業覆蓋全部中醫藥學科；本、專科專業（方向）28個；繼續教育的本、專科專業9個。
1999年學校順利通過了首批國家教育部本科教學工作優秀水平的評估，現為國家大學生文化素質教育基地、國家理科基礎研究和教學人才培養基地以及中國大學生武術訓練基地。是為數不多的同時擁有三個人才培養基地的高校之壹。學校還擁有全國規模最大的中醫藥博物館，同時也被上海市列為“十大科普基地”之壹。
學校作為最早建立的高等中醫藥院校，50年來名醫薈萃，人才輩出。首任校長程門雪是我國著名的中醫學家和中醫教育家，近代中國舉辦中醫學專門學校第壹人，壹大批聞名海上的名醫大家紛紛投身於學校的教學和臨床工作之中，其中不乏孟河學派、蔡氏婦科、徐氏兒科、顧氏外科的傳人。改革開放後，被列為國家中醫藥管理局全國名老中醫繼承班導師的就有10余人，上海市人民政府命名為“上海市名中醫”中90％以上為系統著名專家。在老壹輩中醫學家的帶動下，近年來，學校又有多名中青年學術骨幹進入“國家百千萬人才”、“國家青年基金”、“教育部新世紀優秀人才 ”、“上海市領軍人才”、“上海市醫學領軍人才”等高層次人才培養計劃，其數量居全國中醫藥院校領先地位，為學校可持續發展大俠了堅實的人才基矗