檀香能理氣，使之芳香，能使芳香物質達到非常高的境界。最好屬於橘橙之屬，伴以姜棗。將葛根、豆蔻、縮沙、益智作為理氣藥，可作為陽明的壹條經絡，在胸膈之上，在咽喉處。黃秀公認為:“白檀聞起來刺鼻溫潤，抽起來清爽可愛。若因寒氣、飲食不節、逆氣嘔吐、抑郁所致，可導致胃氣上升，祛風辟邪，消腫止痛。功專於脾肺，不像沈香能誘氣降。李時珍認為:“白檀香辛溫，亦為分氣之藥。故能調理脾肺，益胸膈。紫檀也是鹹、寒、血之藥，故能和氣，消腫解毒，治金瘡。」
其應用配伍為:用於寒凝氣滯所致的胃痛、胸痹、寒疝腹痛。檀香辛散溫，能行氣，調肺脾之氣，益膈寬胸，故特別適用於胸痹。可與陳皮、幹姜、丁香同用，增強行氣散寒止痛之功。如“楊家藏方”寬格湯。若胃痛或胸痛系血瘀氣滯所致，宜與丹參、砂仁配伍，活血行氣止痛，如《十方葛括》丹參飲。在現代臨床上，本品與蘇合香、青木香、乳香壹起作為冠心病心絞痛的藥丸服用，效果良好。本品散寒止痛，還可用於寒性疝氣、腹痛。常與烏藥、延胡索同用。
檀香也可用於霍亂嘔吐和嗆膈。因為檀香有益於膈肌功能，所以也可用於氣逆嘔吐之證。治寒濕霍亂、泄瀉腹痛，可與高良姜、砂仁同用，如散寒、行氣止痛。如《白衣方旋》冷香湯:若胃停飲而致胃脘嘔吐，則與溫胃解吐藥同用。如流行的《傷寒論》香砂二陳湯:治噎膈飲食，與茯苓、橙子配伍。
本品常用丹參治療氣滯血瘀、經絡不和、胸痹。高血壓、冠心病心絞痛。
陰虛火旺者禁用。