2004年8月，學校整體移交給當地政府，後更名為南方醫科大學南方校區管理委員會。
2006年，廣東省委、省政府在《關於建設中醫藥強省規劃的決定》中明確提出“支持南方醫科大學發揮中西醫結合學科優勢，建設投資多元化、醫療教學科研多元化的壹流中西醫結合醫院”。為響應廣東“中醫藥強省”計劃，南方醫科大學整合了中醫學院、南方醫院、珠江醫院的中西醫人才資源。醫療工作具有“壹個中心校區、兩個分校區”的協調發展布局，科教工作具有“壹個骨幹、院院互動”的架構，院院具有“院院壹體”的管理模式。5438年6月+2006年10月，南方醫科大學中西醫結合醫院成立。全國人大張德江委員長(時任廣東省委書記)題詞:“感謝南方醫科大學為建設中醫藥強省、提高全省人民健康水平作出的巨大貢獻！”。然後，借著學校的東風，大力發展附屬醫院。
2010年5月，5號住院樓投入使用，中心院區床位擴充至402張。
2011，國家中醫藥管理局“疾病預防中心”和體現中西醫結合康復治療的“傳統療法康復中心”成功成立；
2012，國家中醫藥管理局、廣東省中醫藥局“名中醫工作室”在我院正式開業；
2013在學校“大南醫”發展戰略的支持下，以羅榮成教授為首的南方醫院腫瘤團隊植入中西醫結合醫院，大量引進國內外腫瘤學科領軍人才，與中醫臨床團隊相結合。經廣東省中醫藥局批準，“南方醫科大學中西醫結合腫瘤中心”成立，開啟了我校腫瘤防治領域的新紀元，從而使醫院進入全面提升發展的快車道。全院上下同心同德，為建設國內壹流、國際壹流的中西醫結合教學科研醫院的目標而努力奮鬥。
2014，10作為全國唯壹壹所醫學院直屬的中西醫結合醫院，南醫大中西醫結合醫院晉升三甲，以臨床醫學和腫瘤學兩個國家級中西醫結合重點學科為優勢，按照“大專科、大綜合”的發展模式發展。
2065438+2005年8月，我院與泰康之家(北京)投資有限公司簽署戰略合作意向協議，共建國際壹流腫瘤醫療中心，給醫院的發展帶來了新的機遇和挑戰。同年，5438年6月+10月，新安裝了南方中西醫結合(南方醫科大學腫瘤中心)2號樓和8號樓兩棟住院樓。