臨床上依其治療目的之不同，中藥灌腸法又有3種操作方法： 其目的是保留灌入藥液，起到肛腸局部或全身性治療作用。
1．讓病人排凈大便，或用清水灌腸，以利於藥物吸收。
2．將灌腸筒依次接上橡皮管(上附開關夾)、玻璃接管和橡皮肛管。如用硬橡皮管頭時可不用玻璃接管，而將硬橡皮管頭直接接在橡皮管上即可。橡皮肛管和硬橡皮管頭應煮沸消毒。
3．扭緊開關夾，將所用藥液倒入灌腸筒內。
4．病人取左側臥位或俯臥位，雙膝屈曲。臀部墊以雨布和治療巾，露出肛門。臀部可略微擡高，以利保留藥液。
5．在肛管頭上塗潤滑油，然後扭松開關夾，放出管內溫度較低的液體並排除管內空氣。用手腕觸灌腸筒，如覺微溫(以39～42℃為宜)，即可捏緊肛管，輕緩地插入肛門內約10～15cm。漏鬥韻高低要與臀部平齊而略高，使藥液慢慢地灌入腸內。
6．藥液流完後，立即捏緊導管，取下漏鬥，然後慢慢將管從肛門內抽出並以紙包裹。
7．囑病人留住灌入藥液，不要隨即排出。必要時可用手紙壓肛門數分鐘，以助病人保留藥液。每次保留藥液時間要在30分鐘以上。
8．每次灌入藥量要因人而宜。成人為200～300ml；小兒按年齡酌減，1歲以內用15～30ml，1～3歲用30～60ml，3歲以上用60～lOOml。每日2～3次，壹般7～10天為1療程，如病情需要，中間休息3天後，再進行下壹療程。急危重癥，靈活掌握。 也稱肛門點滴法，它是以類似點滴輸液的方式將中藥煎劑或中成藥液體制劑(包括丸、散、膏、丹加水制備的溶液)由肛門註入直腸的壹種方法。實際上是中藥保留灌腸法的壹種改良用法。它較壹般保留灌腸法病人不適感輕，註入藥液量大，便於保留和吸收，療效更確切，操作方法也不復雜，所以值得推廣應用。
1．和壹般靜脈輸液的設備相同，唯針頭換成導尿管。
2．藥物制備按辨證論治要求或根據病情需要，將所選藥物(中草藥、中成藥)制成治療液體。中草藥煎煮2次，紗布過濾混合分成2份(即2次用量)；丸、散、膏、丹等成藥用開水泡後取汁，紗布過濾；成藥灌腸液進行加溫後，裝入滴瓶(開放式點滴瓶或葡萄糖瓶)中，調節藥溫至40℃以下。
3．囑病人排凈大便或用清水灌腸。
4．病人取側臥位，也可仰臥、俯臥，墊高臀部lOcm。
5．排出輸液管中的空氣，選用12～16號導尿管，並在前端塗以潤滑劑(甘油或液體石蠟)，插入肛門內(成人10～20cm，小兒5～15cm)，膠布固定，開始點滴。
6．根據病情調節滴速高熱及津傷重癥病人，點滴速度宜快，可80～110滴/分鐘；氣血兩虧及其它慢性病人，點速宜慢，以30～70滴/分鐘為宜；外感病人使用解表劑時，若已見微汗熱退，可終止點滴，此乃中病即止之意。
7．根據病情調整藥 目的是通過瀉下，刺激腸蠕動，使糞便、腸內積氣、邪毒等實邪排出體外，起幫助診斷和治療的雙重作用。操作方法步驟如下：
1．準備工作同保留灌腸法2～4。
2．在肛管頭上塗潤滑油，然後扭松開關夾，放出管內溫度較低的液體並排出管內空氣。調節藥溫在37～39℃之間，把肛管緩慢插入肛門內約6～10cm，調節筒底高出床面約45cm，使藥液緩慢流入腸內。
3．藥液流完時，夾緊橡皮管，並迅速將肛管取出，同時用手紙抵住肛門，幫助病人保留藥液5～10分鐘。
4．囑病人側臥位，給予便盆讓其排便。能走動者，可到廁所排便。
5．註意檢查糞便的量、色、味，有無粘液、膿血和異物，必要時留標本化驗。
6．每次灌入藥量應因人而異，成人為800～1200ml；小兒酌減，1歲以內50～lOOml，1～3歲100～300ml，3歲以上300～600ml。具體用法、療程當視病情需要靈活掌握。