1929年（民國18年），萬縣市紅十字會醫院落成始設門診部，開展內科、外科診療業務。
1936年（民國25年），更名為萬縣縣立醫院，編制人員10人，設置病床15張。購置第壹臺顯微鏡，始設住院部。
1940年（民國29年），更名為萬縣衛生院。
1943年（民國32年），更名為萬縣中心衛生院，編制人員20人，預防醫療於縣全境。
1946年（民國35年），更名為四川省立萬縣醫院，始設藥劑室，編制人員40人，設置病床40張，承擔下川東各縣醫療衛生工作。
1949年，更名為川東萬縣市立人民醫院。
1949年，萬縣解放，中國人民解放軍萬縣市軍事管制委員會衛生部派軍代表宣布接管醫院。
1950年，成立院務管理委員會。
1951年，更名為川東第二人民醫院。
1951年，編制人員90人，醫院黨支部成立。
1952年，川東行署衛生廳撥款法幣32億元，在新城路紅石梁劃地37585平方米，修建新醫院（今院址）。
1953年更名為，四川省萬縣專區人民醫院。
1953年，編制人員171人，設置床位170張，購置第壹臺荷蘭產200毫安X光機。
1954年，遷入新城路紅石梁新院址。門診部設在今區血站處。病床分科設置，內科設病床25張（結核科病床30張除外）。
1957年，門診部建立中藥房。編制人員171人，設置病床170張。
1958年，建立第壹、第二、第三門診部，實行24小時門診制。
1959年，藥劑科下設住院部和壹、二門診部3個藥房。
1961年，首用心電圖機檢查心臟疾病。
1962年，第三門診部改隸萬縣精神病院。外科樓竣工，建築面積4475平米。
1963年，住院部設置中醫病房，床位8張。
1972年，開展腦室碘油造影。
1973年，建立中***萬縣地區人民醫院委員會。
1974年，A型超聲波應用於臨床檢驗。
1976年，開展腦室碘水造影，首用電擊轉復心律成功。
1977年，始用超聲心電圖。
1979年，更名為萬縣地區人民醫院。
1980年，腦電圖機、腦血流圖機、纖維胃鏡應用於臨床。首用同位素肝掃描診斷肝硬化和癌變。
1990年，中醫門診部成立。腫瘤防治研究中心大樓建成並投入臨床使用，內設12個科室，病床278張。
1992年，更名為萬縣市中心人民醫院。
1992年，編制人員756人，設置床位558張。
1993年，放射治療綜合大樓竣工，建築面積3477平米
1994年，萬縣市中心人民醫院通過二級甲等醫院評審。
1998年，更名為重慶三峽中心醫院。
1998年，門診大樓建成投入使用。編制人員814人，設置床位648張。
1999年，成立重慶市三峽腫瘤防治研究所。
2000年，成立送醫下鄉流動門診部；首次開展腎移植手術。
2001年，川北醫學院三峽臨床學院掛牌。
2002年，通過三級甲等醫院審評；成功舉辦建設三峽庫區醫療衛生中心 成果匯報會暨健康萬州行贈書活動。
2003年，抗擊非典取得階段性勝利；原萬州區第二人民醫院並入重慶三峽中心醫院，更名為平湖分院。
2004年，重慶市肝病治療研究中心三峽分中心掛牌；百安分院、兒童分院開診；首次開展肝移植手術。
2005年，成立重慶醫科大學超聲工程研究所三峽臨床基地；成功舉辦國際華夏醫學學術大會、衛生系統精神文明建設與新聞宣傳高層論壇。
2006年，啟動惠民中國醫療行動。
2007年，禦安（傳染病分院）開診、啟動萬州區城市醫院支援農村衛生院暨拜師活動。
2008年，平湖分院康復大院開診、江南分院奠基。
2009年 開展百萬農民健康大行動。世界首臺128層螺旋CT投入使用。上崗人員2556人，編制床位2000張（開放床位2400張），占地面積400畝，總建築面積43萬平方米，設備總值3億元（3011臺件）。