《廣疫論》治疫法的代表方有大黃湯、增損消癥、三黃二象散等。
1、大黃湯:該方以大黃為主，輔以芒硝、枳實、厚樸等中草藥，具有清熱解毒、通腑瀉濁之功效。在瘟疫初期，吳有興主張早期用大黃湯清腑瀉熱，以消除疫毒，順氣，從而阻斷疾病的發展。
2.增損雙溶:白僵菌、蟬蛻、姜黃、大黃、芒硝等清熱解毒、化痰散結的藥物，石膏、知母等清肺和胃的產品。該方在瘟疫發展過程中具有清熱解毒、化痰散結、通腑化濁的作用。
3.三黃二香散:主藥有黃連、黃芩、黃柏、麝香、冰片等。具有清熱解毒、化濁開竅的功效。針對瘟疫後期，疫毒侵入，濁邪蒙蔽開竅的病機，本方可達到清疫、開竅、醒神的作用。
應用廣疫理論應註意的問題；
1，準確辨病:吳有興在《論廣疫》中提出了獨特的瘟疫辨病方法，強調區分疫、傷寒、溫病。因此，在應用這壹理論時，需要準確判斷患者的癥狀和表現，明確是否屬於瘟疫範疇，並根據不同的病機和證候選擇合適的治療方法和方劑。
2.註重預防:吳有興在《論廣疫》中也強調了鼠疫預防的思想，指出必須采取隔離病人、消毒環境、保持良好的個人衛生習慣等壹系列預防措施來防止鼠疫的傳播。在應用這壹理論時，有必要註意預防措施的實施，以降低感染的風險。
3.靈活運用:《廣疫論》雖然提出了許多經典的治疫方藥和方法，但在實際應用中需要根據患者的具體情況靈活運用。不同患者的病情、體質、病程等因素都會影響治療效果，需要根據具體情況選擇合適的處方和劑量並及時調整。