主要區別有，科目分類不同、形態特征不同、分布範圍不同，具體如下：
壹、科目分類不同
1、半邊蓮
又名瓜仁草、急解索、細米草，屬桔梗目、桔梗科、半邊蓮屬、半邊蓮種植物。
2、半枝蓮
又名並頭草、韓信草、趕山鞭、牙刷草，屬唇形目、唇形科、黃芩屬、半枝蓮種植物。
二、形態特征不同
1、半邊蓮
莖細弱，匍匐，節上生根，分枝直立。葉互生，無柄或近無柄，橢圓狀披針形至條形。花生分枝的上部葉腋，花梗細，小苞片無毛，花萼筒倒長錐狀，花冠粉紅色或白色。蒴果倒錐狀，長約6毫米。種子橢圓狀，稍扁壓，近肉色。花果期5-10月。
2、半枝蓮
根莖短粗，生出簇生的須狀根，莖直立，四棱形，不分枝或具或多或少的分枝。葉片三角狀卵圓形或卵圓狀披針形，有時卵圓形。花單生於莖或分枝上部葉腋內，苞葉下部者似葉，但較小，橢圓形至長橢圓形，全緣，上面散布下面沿脈疏被小毛，花梗被微柔毛，花萼開花時，外面沿脈被微柔毛，邊緣具短緣毛，花冠紫藍色。小堅果褐色，扁球形，徑約1毫米，具小疣狀突起。花果期4～7月。
三、分布範圍不同
1、半邊蓮
分布於中國長江中、下遊及以南各省區，印度以東的亞洲其它各國。
2、半枝蓮
分布阿根廷、巴西南部、烏拉圭以及中國大陸等地。
百度百科-半邊蓮
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