1、 栽培條件 栽培條件不當，黃芪木質化程度增高，栽培的防風分枝等。
2、 采收加工 不同的采收期和不同的加工方法，使有效成分的種類或含量不同。如茵陳，過去只用幼苗，後來通過研究發現，茵陳的三個主要利膽有效成分以秋季的花前期和花果期含量為高，為此，藥典規定茵陳有兩個采收期，春季幼苗高6～10cm時或秋季花蕾長成時采收，前者稱“綿茵陳”，後者稱“茵陳蒿”。金銀花采用陰幹、曬幹和蒸後曬幹，綠原酸的含量不同，以蒸曬法加工者含量高。
3、 產地 同種藥材，產地不同，質量不盡相同，如廣藿香，廣州石牌的廣藿香氣較香醇，含揮發油雖較少但廣藿香酮的含量卻甚微。
4、 貯藏時間 如荊芥的揮發油含量隨貯藏時間的延長而減少;新鮮細辛的鎮咳作用強，當貯存6個月後則無鎮咳作用。貯藏不當會收起蟲蛀、黴變、走油、風化。自燃等。
5、 運輸 運輸中如受到有害物質汙染，必然影響質量。
6、 非藥用部位超標 沈香摻入大量不含樹脂的木材、山茱萸摻入大量果核，山楂不去核入藥等。
7、 人為摻假 薏苡仁中摻入高粱米，紅花中摻入細紅沙或細鋸末，海馬腹中填入魚粉，冬蟲夏草中插入鐵絲，天麻中摻入鐵塊，全蠍中摻入泥土、食鹽，用桔梗冒充人參等。
8、 個別是藥材經提取部分成分後再流入市場如人參、西洋參、三七、五味子、黃柏、丹參等。
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