主條目：廢除中醫
在中國，對於中醫學的是否屬於科學的問題，始終壹直爭論不休。學術界的爭論可追溯到19世紀末，現代醫學傳到中國之後，壹些主張醫學現代化的人士，主張廢除中醫，中醫學連帶受到巨大的挑戰。直到今天，中醫學是否歸屬於科學、及中醫藥是否有效等，仍倍受主流科學界的質疑。
自歐洲醫學東傳以降，中醫為科學與否，爭議極大，兩派各執壹詞，迄今在中國並無結論，茲聊列之。
1879年，俞樾發表《廢醫論》最早提出了廢除中醫中藥的主張。在1915年江蘇的袁桂生將“廢五行說”作為壹項提案交神州醫藥總會討論，題為《擬廢五行生克之提議》。據醫學捌號樓稱可能是最早的提出廢除五行理論的文章。
1929年，國民政府通過了《廢止舊醫以掃除醫事衛生事業之障礙案》。
2005年，中南大學張功耀教授在《醫學與哲學》雜誌上發表了《告別中醫中藥》，將中醫存廢之爭推向新高潮。
中國官方的說法認為中醫學是壹門科學。針對中醫不科學的說法，荊氏認為“2005年11月19日國家將中國中醫研究院更名為‘中國中醫科學院’，也是對此等論爭的回擊。”董氏認為“在現代科學劃界標準下當屬於非科學範疇，而與偽科學截然不同”。孫氏等認為按照薩伽德的科學劃界標準，亦“不能說中醫學是壹門科學”。
尚有壹些人認為，中醫源於古人對人體與自然規律的感性及感官認識，其本質並非科學（但可以用適當的現代科學方法去研究和發揮部分的中醫理論），但她有超脫科學的可貴的壹面。而“不是科學”也無法否定中醫療法的療效，若據此斷然否定中醫，我們將失去很多可貴的文化資產。