特殊疾病住院和門診治療的結算程序:
定點醫療機構應於每月10日前，將上月出院患者的費用清單、住院清單及相關資料上報醫療保險經辦機構，經審核後作為每月預撥和年終決算的依據；
醫保經辦機構預撥上月特殊疾病住院和門診統籌費用；
參保人員經鑒定患有特殊疾病的，應當到勞動保障部門指定的定點醫療機構就醫、購藥，發生的醫療費用直接入賬，即時結算。
在村衛生室和村中心衛生室就醫報銷60%，每次就診處方藥費用限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費用限額50元；
在鎮衛生院就醫報銷40%，每次檢查費、手術費限額50元，處方藥限額100元；
二級醫院就醫報銷30%，每次檢查費、手術費限額50元，處方藥費限額200元；
三級醫院就醫報銷20%，每次就診檢查費、手術費限50元，處方藥費限200元；
中藥發票配處方，每貼限額1元；鄉鎮合作醫療門診年補償限額為5000元。
法律依據:《個人所得稅專項附加扣除暫行辦法》第十壹條。壹個納稅年度內，納稅人發生的與基本醫療保險相關的醫療費用，扣除醫保報銷後超過15000元的部分(指醫保目錄內的自付部分)，由納稅人在辦理年度匯算清繳時，在80000元限額內扣除。
中華人民共和國基本醫療保健與健康促進法第二十壹條國家實行預防接種制度，加強免疫規劃。居民有依法接種計劃免疫疫苗的權利和義務。政府向居民提供免費免疫計劃疫苗。