1.主藥
(1)硫脲類(如丙硫氧嘧啶、甲硫氧嘧啶)和咪唑類(如甲巰咪唑、卡比咪唑):這兩類藥物是目前應用最廣泛的藥物，作用相似，既能抑制甲狀腺激素的產生，又能提高免疫監測功能，對甲亢的長期緩解很有幫助。丙基硫氧嘧啶在體內還可將T4轉化為T3，可作為重癥甲亢和甲亢危象的首選藥物。
(2)碘化物(包括復方碘溶液和碘化鈉):該藥常用於甲亢危象，可抑制甲狀腺素的釋放，迅速緩解甲狀腺毒癥。
(3)碳酸鋰:主要用於甲亢合並白細胞減少患者及用131I治療前的準備。不良反應包括抑郁和腎小管損害，劑量應嚴格按照說明書進行。
2.輔助藥物
由於抗甲狀腺藥物起效較慢，患者在治療初期和減量期仍會出現甲亢癥狀。這時，需要應用壹些輔助藥物，常用的有:
(1)治療心臟病癥狀的藥物:壹般在藥物治療初期，聯合抗甲狀腺藥物，如普萘洛爾，可緩解心悸、心動過速、精神緊張、多汗等癥狀，但妊娠期間應禁用心動過緩或甲亢。
(2)甲狀腺片或優甲洛:壹般用於減藥期和維持期，此時患者可能出現甲狀腺功能減退癥狀，可避免甲狀腺腫大和突眼的加重。維持期結束停用咪唑和硫脲類藥物後，可有效減少甲亢復發。
(3)糖皮質激素:如潑尼松、地塞米松。其中，潑尼松主要用於緩解重度甲亢癥狀，減輕嚴重並發癥和藥物不良反應。地塞米松主要用於甲狀腺腫大明顯的甲亢，也常用於皮膚黏液水腫的甲亢。
(4)鎮靜劑:如地西泮，可用於緩解患者的緊張、焦慮和失眠。
(5)其他藥物:常用輔助藥物有維生素B4、維生素B1、復合維生素B、三磷酸腺苷、肌酐等。