水源質量也是影響GAP中藥無公害生產的重要因素，如果水源壹旦被汙染，即使在生產中采取其他任何GAP無公害栽培技術，其結果也無濟於事，使其生產效果事倍功半。無公害中藥生產基地水源質量必須符合國家農田灌溉水質標準，具體要求是：基地內水資源豐富，水質質量相對穩定，如符合條件的地下水、大中型水庫、大中河流和湖泊等。
如用江湖水作為灌溉水源，則要求在基地上方水源的各個支流處無工業汙水排放，水質基本達到二級飲用水標準。水體清澈透明，無異味，水源周圍無汙染源，如糞堆、廁所、畜禽場、動物食品加工等。具體的監測指標有：pH、鎘、鉛、汞、砷、六價鉻離子、氟化物、氰化物、氯化物、細菌密度、大腸菌密度、化學耗氧量和生物耗氧量以及溶解氧等。農田灌溉用水執行GB5084-92標準，按該標準規定種植作物，生化需氧量（BOD5）≤80毫克/升；化學需氧量（COD）≤150毫克/升；凱氏氮≤30毫克/升；總磷（以磷計）≤30毫克/升；pH5.5～8.5；全鹽，非鹽堿土地區≤1000毫克/升、鹽堿土地區≤2000毫克/升；重金屬，如總汞≤0.001毫克/升、總鎘≤0.005毫克/升、總砷≤0.05毫克/升、鉻（六價）≤0.1毫克/升……；糞大腸桿菌群≤10000個/升；蛔蟲卵數≤2個/升。
綜合汙染指數法的水質綜合評價，1級水源的綜合汙染指數應在0.5以下；2級在0.5～1.0之間；超過1.0時為3級，這時該水質超出警戒水平。