按照以往的學術慣例，各種遺址文化大多是以首次發現及發掘地命名的。但馬家浜文化卻經歷了壹段曲折的歷程，它的首次發現地並不是馬家浜，而是在嘉興市桐鄉縣壹個叫羅家角的地方。
桐鄉縣地處杭嘉湖平原中部，羅家角在縣西石門鎮的東北約2公裏的地方。遺址北臨大運河，南依羅家角村，有小河自羅家角村流過，向北註入運河。遺址四周全為崗地，中部也有崗地將其分隔成兩塊水田。 1956年，當地農業生產合作社正在熱火朝天地搞生產，結果農民們在羅家角的水田裏挖出了大批獸骨和陶片。當地農民沒有看過動物遺骨，但聽說過“龍骨”可以入藥的事情，便紛紛將其拿到中藥鋪出售。結果“龍骨”越掘越多，中藥鋪不收購了，農民就轉賣給廢品收購站。最後是收購站向文物部門反映，才使羅家角遺址出現在考古學家的視野裏。 10月，浙江省文物管理委員會派人前往桐鄉縣羅家角調查，采集到石器、陶器、獸骨等若幹，確定羅家角為新石器時代遺址。由於當時人力不夠，對這壹文化遺存也並不了解，認為沒有太大的發掘價值，只是加以保護。1961年，羅家角遺址公布為省級重點文物保護單位。 羅家角遺址就這樣沈寂了下來，歷史的風霜湮沒了曾經燦爛輝煌的遠古文明，如果不是1959年馬家浜驚世駭俗的重大發現，也許美麗的太湖流域還背著那“古來是蠻夷之地”的名聲。 馬家浜坐落在嘉興市城南7公裏的南湖鄉天帶橋村，東北面臨九裏港，西至墳屋浜，南為馬家浜，是壹個三河交叉的平原。1959年春，嘉興南湖鄉天帶橋大隊馬家浜村在漚肥挖坑中發現大量獸骨和古代遺物，趕緊報告了文物部門，得到了很大的重視。同年3月，浙江省文物考古委員會與浙江省博物館、杭州大學歷史系、杭州師範學院歷史系等6個單位組成考古隊來此進行了發掘，出土骨器53件、石器12件，同時還出土了很多玉器、陶器和獸骨。 這次發掘坑位於遺址中部，總計2l3平方米。遺址的文化堆積層分為兩層，上層以灰黑色粘土為主，並有紅燒土層和淤泥層，出土有獸骨、石錛、礪石、骨鏃和各種質地的陶片，還有建築遺跡；下層含有大量腐爛的獸骨碎片，另外還有骨鏃、骨錐、骨針、骨鑿以及石斧、礪石和陶片等。 考古學家還在這裏發現了長方形房屋遺跡。這座房子南北7米，東西3米，門朝東。室內是經過加工的黃綠色土面，還有帶樹枝和蘆葦痕跡的紅燒土塊堆積。下層中的居所較簡陋，房基為橢圓形凹坑，還發現了碳化圓角菱，與如今的南湖菱相仿。經測定，馬家浜文化的年代距今約為7170年左右，甚至比先於發掘的河姆渡遺址年代還略早壹些。 最讓人震驚的發現是位於上下層交接處的墓葬，***出土了30具人骨架。這些骨架埋葬密集、重疊，南北向放置，其中6具身旁有隨葬品，生產工具置於腰部，裝飾品置於頭部，陶器位置不壹。遺憾的是，當地農民害怕這些骨架給他們帶來晦氣，半夜起來把這些“馬家浜人”偷偷搗毀丟到河浜裏去了。 馬家浜的遺憾還不止於此。發掘馬家浜遺址時，考古人員還沒認識到這是壹處史前文化遺址，而是把它作為“吳越古戰場”來認識、考證的。發掘前就已經探明馬家浜遺址有15000多平方米，由於條件限制只發掘了213平方米。後來由於考古隊員吃住問題難以解決，對馬家浜遺址的發掘工作只好中止。 1975年，中國社會科學院考古研究所專家吳汝祚先生首次提出了馬家浜文化的命名。1977年11月在南京召開的長江下遊新石器時代學術討論會上，著名的考古學家夏鼐根據長江中下遊、太湖流域新近的考古成果，提出“長江流域和黃河流域同是中華民族文化起源的搖籃”這壹劃時代的論點，並確認以嘉興馬家浜遺址為代表的馬家浜文化是長江下遊、太湖流域新石器時代早期文化的代表。 從此，馬家浜文化正式定名。它的首次發現地羅家角遺址也於1979年開始了第壹次發掘。 1979年11月下旬至1980年1月底，為配合羅家角農田基本建設，經浙江省人民政府批準，考古隊對羅家角遺址進行了局部發掘。這次發掘開探方41個，發掘總面積為1338平方米，出土的完整器物達794件，同時還出土了大量的陶片、獸骨以及稻谷等植物遺存。 羅家角的遺址分4個文化層，都屬馬家浜文化，代表了馬家浜文化的若幹個不同發展階段，豐富了馬家浜文化的內涵。羅家角遺址的發掘，引起了中外學者的註意。1987年日本農耕史代表團專程到羅家角遺址考察馬家浜文化；1989年，日本東亞稻作文化起源考古代表團也來到羅家角遺址進行考察，並認為羅家角遺址發掘出土的稻谷，證明中國的長江流域是日本栽培水稻的發源地之壹。在日本出版的有關馬家浜文化的書刊都把羅家角寫成“羅家谷”，就是因為羅家角是水稻的發源地的緣故。 二十世紀七八十年代，對馬家浜文化遺址的發掘及研究逐步深化，浙江壹帶的馬家浜遺址像雨後春筍壹樣層出不窮。1981年3月，考古隊對余杭吳家埠遺址進行發掘；5月，嘉興平湖大墳塘遺址出土泥質喇叭形紅陶豆、腰沿釜、豬鼻形支座等，為馬家浜文化堆積層；10月，對余杭吳家埠遺址進行發掘，清理馬家浜文化時期墓葬7座。 1984年1月，嘉興博物館與上海自然博物館及常州、蘇州、無錫、湖州市博物館聯合在嘉興舉辦“太湖流域古人類、古遺址、古文化展覽”，並召開學術討論會，將太湖流域作為壹個單獨的區系類型文化提出。到如今為止，長江流域及其以南***發現了200多處新石器時代遺址 。
2015年12月，江蘇溧陽秦堂山遺址考古勘探已取得階段性成果，其中馬家浜文化遺存最為豐富，核心區面積約4.5萬平方米，是目前已知保存面積最大、最為完整的馬家浜時期文化遺址之壹。