作為杭州天目山藥業股份有限公司旗下主打品牌，天目山藥業由最開始為內部人所知的普通商標，但現在成為家喻戶曉蘊含天目藥業股份有限公司企業文化和企業形象的中國馳名品牌，見證了公司有小到大、由弱到強的歷程。
“天目山藥業”商標最早使用於1987年，1997年在國家商標管理局正式註冊，核定使用商品為第五類：片劑、酒劑、酊劑、丸劑、糖漿劑、滴眼劑、紙型劑、顆粒劑、口服液。2006年，公司決策繼續推進公司商標等品牌建設，推動“天目山藥業”商標向國家馳名商標邁進，並委托杭州現代商標公司將“天目山藥業”商標延伸至第1、2、10等7類註冊。10多年來，“天目山藥業”商標所指商品及服務基本覆蓋了華東6省1市，成為家喻戶曉的知名品牌。公司歷來十分重視企業知識產權的保護和企業形象、品牌的宣傳工作，並專門在總經辦下設立了商標管理小組，由副總經理擔任組長，辦公室主任為副組長，負責商標日常管理、註冊、認定、續展、維權和宣傳工作，建立了商標管理的相關制度。在此基礎上，取得了壹定的成績。2003年“天目山藥業”商標被杭州市工商管理局認定為市著名商標、2004年被認定為浙江省著名商標並延續至今。同年被評為浙江省高新技術企業。2008年9月被浙江省科學技術廳授予“浙江省農業企業科技研發中心”稱號，並聯合國家科學技術部星火計劃辦公室開展國家級星火計劃——珍貴瀕危中藥鐵皮石斛栽培技術優化集成與應用項目。近三年來，公司用於“天目山藥業”品牌宣傳與維護上的廣告費用近千萬元，極大的提升了企業形象和產品知名度，擴大了產品的市場占有率，提高了企業的經濟效益。