1.飲食調整:發酵性腹瀉應限制碳水化合物；對於感染性腹瀉，應限制蛋白質的攝入。要加強腸黏膜的局部防禦屏障功能，防止細菌移位，應增加纖維性食物。
2.抗生素:立即停用原抗生素。根據菌群分析和抗菌藥物敏感試驗，選擇合適的抗生素，抑制過度繁殖的細菌，從而間接支持腸道繁殖不足的細菌。另外，可以用廣譜抗菌藥物破壞大部分腸道細菌，然後註射正常腸道菌群的菌液，使其恢復。
3.活菌制劑:目前常用的活菌制劑有嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌、枯草芽孢桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、糞芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌。其中乳桿菌分叉制劑療效最好。枯草芽孢桿菌制劑的療效也不錯，其治療機制可能是該菌為好氧性，能吸收氧和氧，降低腸腔氧化還原電位，支持厭氧菌(擬桿菌、乳桿菌)生長，從而間接支持正常菌群。還可用於治療葡萄球菌引起的偽膜性腸炎，取得了良好的效果。乳桿菌屬。制成的乳酸乳球菌具有良好的臨床應用效果。適用於正常腸道菌群繁殖不足的耐藥菌株做制劑，也是調節腸道菌群失調的有效方法。
4.菌群促進劑:口腔菌群促進劑也可以支持正常菌群。如果用乳糖來支持腸桿菌，用葉酸來支持腸球菌，兒童經常用雙歧桿菌因子來促進雙歧桿菌的生長。半乳糖苷酸被細菌分解形成乳酸或乙酸，降低pH值，抑制其他細菌，支持乳酸菌生長。
5.耐藥腸球菌制備:日本木黑等通過增菌傳代培養獲得對鏈黴素、紅黴素、四聯體、氨芐青黴素耐藥的鏈球菌Bio-4r菌株。動物和人體實驗表明，該菌株對多種抗生素具有耐藥性，因此可以防止其他菌群的異常繁殖，克服菌群失調，改善糞便異常，療效比以往單獨抗生素治療更快，並能防止糞鏈球菌Bio-4r菌株的耐藥因子轉移到大腸桿菌K-12菌株。
6.中醫:中醫認為“泄瀉之源，皆因脾胃”。急性腹瀉多為偏瀉，責任在脾胃；慢性腹瀉多為虛，影響脾腎。前者應清熱燥濕，後者應健脾補腎。中藥中的退熱解毒藥對體液免疫有作用，如蒲公英、白花蛇舌草可促進抗體產生，魚腥草可增加備解素濃度，備解素、C3、Mg++組成的制劑體系可在壹定程度上殺滅誌賀氏菌、沙門氏菌、綠膿桿菌等革蘭氏陰性桿菌，是機體產生抗體前重要的非特異性免疫防禦功能。在中醫辨證治療腸道菌群失調時，應考慮上述藥物的作用。在清熱祛濕、益氣健脾、和胃滲濕、溫腎健脾的方法上，效果比較理想。