世界中聯下設秘書處，為世界中聯的日常工作機構。秘書處目前設有綜合辦公室、學術部、財務部、科技與標準部、資格考試部、國際培訓部、國際醫療與人才交流合作部（世中聯人才交流服務中心）、國際聯絡部、國際事務服務部、臨床循證研究指導中心、《世界中醫藥》雜誌、國際合作部、國際信息服務部、禦方堂中醫門診部等工作部門。
為了發展學術，輻射、帶動國際中醫藥界的學科建設，專業委員會的設立是世界中聯的重點工作之壹，已有73個專業委員會獲中國國家民政部批準登記。
為了便於決策與協調，世界中聯還設立了標準化建設委員會、考試與測評委員會、道德委員會、教育指導委員會、臨床工作委員會、科技發展委員會等咨詢協調機構。主要負責各個業務領域的工作研究、咨詢與協調。
世界中聯的宗旨是增進世界各國（地區）中醫藥團體之間的了解與合作，加強世界各國（地區）的學術交流，提高中醫藥業務水平，保護和發展中醫藥，促進中醫藥進入各國的主流醫學體系，推動中醫藥學與世界各種醫藥學的交流與合作，為人類的健康做出更大貢獻。
世界中聯的主要任務是：制定並發布與中醫藥有關的國際行業標準，並以此為基礎，開展國際認證。通過國際標準化建設，推動了中醫藥在世界各國健康有序的發展。開展各類學術活動，促進世界各國中醫藥團體之間的交流與合作，發展學術，培養人才；組織中醫師、針灸醫師、中藥師、中醫護師、技師、中醫教師的資格（水平）國際考試，有利於提高從業人員的水平，確立學術地位；開展國際培訓、人才交流、遠程會診，旨在提高中醫藥隊伍的整體素質和學術水平；建立門戶網站，開展信息咨詢、信息服務，出版發行學術刊物，宣傳中醫藥特色與優勢，以促進中醫藥的國際傳播；舉辦國際會展，構建國際交流平臺，以促進中藥、保健品和醫療器械的國際貿易；世界中聯還可以承接國際國內醫藥科研項目的管理，為有關組織、機構提供醫藥項目技術支持和服務；以醫院、特色專科等為平臺開展中醫醫療技術、服務等方面的國際合作與交流；組織評選中醫藥領域唯壹的國際獎項“中醫藥國際貢獻獎”，授予各國在中醫藥醫療、教學、科研和推動中醫藥立法等方面取得優秀成果，並為推動中醫藥學的國際傳播做出突出貢獻的團體和個人。
世界中聯致力於推動中醫藥學的國際交流、傳播與發展。在全體會員的努力下，將逐步成為中醫藥國際化戰略的研究基地，推行中醫藥國際行業標準的基地，中醫藥學術、信息、人才、產品交流的基地。