1、報銷比例不同：
甲類藥品100%按照報銷比例報銷。乙類要自付壹部分，報銷壹部分，具體的報銷比例根據各地政策和具體藥品而有所不同。
2、藥品療效和價格不同：
甲類藥品是指由國家統壹制定的、臨床治療必需，使用廣泛，療效好，同類藥物中價格低的藥物。乙類藥品是可供臨床治療選擇使用、療效好、同類藥品中比甲類藥品價格較高的藥品。
3、標識不同：
甲類的otc標識為紅色標記，乙類的otc標識為綠色標識，甲類乙類藥品都是醫保範圍內的。
4、制定者不同：
甲類藥物全國統壹制定，乙類藥物具體由各地方定；還有各地勞動和社會保障局對醫保乙類品種有調整權利,調入和調出總量控制在品種數量的15%以內,而各地均無權對醫保甲類品種做調整。
擴展資料：
2018年11月18日根據上海市人社局市醫保辦消息，17種國家醫保談判準入抗癌藥近日已納入上海2017年版基本醫療保險、工傷保險和生育保險藥品目錄。通過前期準備，目前已完成藥品信息更新和收費系統調整，11月19日起可全面執行。
據悉，通過國家醫保談判新增準入的17種抗癌藥品，均為治療血液腫瘤和實體腫瘤所必需的臨床價值高、創新性高、病人獲益高的藥品，其中西妥昔單抗等4種藥品上海已先行納入了醫保支付，其余13種此次也全部納入。
這些藥品的醫保限定支付範圍和醫保支付標準均按國家規定執行，其中腫瘤靶向藥品醫保支付仍延續上海市現有政策，實行個人定額標準自負。
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百度百科-醫保乙類
人民網-十七種抗癌藥納入上海醫保