食品藥品監督管理局的職能:
壹)負責起草食品(含食品添加劑、保健食品，下同)、藥品(含中藥、民族藥，下同)、醫療器械、化妝品監督管理法律法規草案，制定政策規劃，制定部門規章，推動建立落實食品安全企業主體責任和地方人民政府負總責的機制，建立食品藥品重大信息直報制度，組織實施和監督檢查，著力防範區域性、系統性食品。
(二)負責制定食品行政許可實施辦法並監督實施。建立食品安全隱患排查治理機制，制定國家食品安全檢查年度計劃，組織實施重大整改治理方案。負責建立統壹的食品安全信息發布系統，發布重大食品安全信息。參與制定食品安全風險監測計劃和食品安全標準，並根據食品安全風險監測計劃開展食品安全風險監測。
(三)負責組織制定和公布國家藥典等藥品和醫療器械標準及分類管理制度，並監督實施。負責制定藥品和醫療器械研發、生產、經營和使用的質量管理標準並監督實施。負責藥品和醫療器械的註冊、監督和檢驗。建立藥品不良反應和醫療器械不良事件監測體系，開展監測和處置。制定和完善執業藥師資格準入制度，指導和監督執業藥師註冊工作。參與制定國家基本藥物目錄，配合實施國家基本藥物制度。制定化妝品監督管理辦法並監督實施。
(四)負責制定食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理的檢查制度並組織實施，組織查處重大違法行為。建立缺陷產品召回和處置制度並監督實施。
(五)負責食品藥品安全事故應急體系建設，組織指導食品藥品安全事故應急處置和調查處理，監督事故調查實施。
(六)負責制定食品藥品安全科技規劃並組織實施，推進食品藥品檢驗檢測體系、電子監管和追溯體系及信息化建設。
(七)負責食品藥品安全宣傳、教育培訓、國際交流與合作。推進信用體系建設。
(八)指導地方食品藥品監督管理，規範行政執法行為，完善行政執法與刑事司法的聯動機制。
(9)承擔國務院食品安全委員會的日常工作。負責食品安全監督管理的綜合協調，推進和完善協調聯動機制。對省級人民政府履行食品安全監督管理職責情況進行監督檢查，並負責考核評估。
(十)承辦國務院和國務院食品安全委員會交辦的其他工作。
SFDA的職能:負責藥品和醫療器械的全方位監管，包括生產企業、流通企業和使用單位(醫院)。
全面監管食品。作為政府的抓手，起到協調衛生工商質監的作用，沒有實際執法權。
保健食品的審批
商務局的主要職能
(壹)貫徹執行國家、省、市關於招商引資、國際國內經濟合作、對外開放、招商引資、國內外貿易和港口建設的發展戰略、方針和政策；制定並組織實施業務領域的規則、制度、標準和發展規劃。
(二)負責與世貿組織有關的業務系統的研究、指導和服務；組織協調反傾銷、反補貼、保障措施等與進出口公平貿易有關的工作；組織產業損害調查，受理、調查和處理招商引資、內外貿、市場流通、餐飲服務等業務投訴。
(三)深化流通體制改革，研究制定規範市場體系和流通秩序的政策，促進內外貿壹體化，建立和完善統壹開放、競爭有序的市場體系；監控和分析市場運行和商品供求情況。組織實施重要消費品的市場流通管理；研究提出市場供求應急預案，組織培育現代物流方式，推動流通產業結構調整，促進城鄉市場同步發展。
(四)調查研究流通和餐飲服務業的重大問題並提出政策建議；負責流通領域食品安全體系建設和畜禽屠宰監管，管理鹽、酒、成品油等重要商品流通和餐飲服務業；負責拍賣、典當、實物租賃、舊貨流通等特殊行業流通活動的規劃和監督管理。
(五)貫徹執行國家、省、市進出口商品管理辦法、進出口商品目錄和進出口商品配額招標政策；貫徹執行國家機電產品進出口戰略、方針和政策；統籌管理商品進出口和技術貿易工作，負責進出口配額計劃的編制和執行以及配額、許可證的管理。
(六)負責監督外商投資企業執行有關法律、法規、合同和章程；指導和管理招商引資、招商引資和外商投資企業的備案、審批和進出口工作，加強與境外、省市企業的經濟技術合作與交流；綜合協調和指導省、市經濟技術開發區的具體工作；負責省外和國外常駐商務代表機構的設立和管理；負責出國商務考察組的審批。
(七)負責對外經濟合作；指導和監督管理對外承包工程、勞務合作、設計咨詢等業務；負責對外經濟合作企業的資質認定和管理，審查或核準地方企業的外商投資項目並實施監督管理；管理國際國內政府機構或組織在我市的無償援助項目和補償工作。
(八)制定和實施對外開放和招商引資政策；指導和管理招商引資企業的審批和備案工作；負責重大招商活動和各類商務會展的組織實施；歸口管理各類涉外商務洽談會、展覽展銷會、投資貿易洽談會等活動；制定並實施舉辦上述活動的管理措施。
(九)負責市商務新聞發布會、信息收集、對外宣傳和提供信息咨詢服務:指導和組織實施招商引資、對外合作、流通等領域的信息網絡和電子商務建設。
(十)負責擬訂並組織實施港口發展規劃，管理港口工作；聯系和協調酒泉海關的工作。
(十壹)指導縣(市、區)商務(招商)工作。
質量監督局的職能和職責
(壹)負責貫徹國家和重慶市質量技術監督的方針政策，負責《中華人民共和國計量法》、《中華人民共和國標準化法》、《中華人民共和國產品質量法》、《特種設備安全監察條例》、《中華人民共和國認證認可條例》、《中華人民共和國工業產品生產許可證管理條例》、《國務院關於加強食品生產的規定》。
(二)負責組織實施發展規劃和提高產品質量的政策措施；指導各行業的質量管理；組織實施名牌發展戰略；參與重大產品質量事故的調查、分析和處理；參與工業產品生產許可證的管理和監督；推廣先進的質量管理經驗和科學的質量管理方法；負責組織IS09000族標準的宣傳和實施；負責質量指標的統計和考核；負責質量專業技術人員職業資格的申報和推薦。
(三)負責制定年度產品質量監督檢查計劃，報市質量技術監督局批準後實施；提出不定期的產品質量監督檢查計劃，報市質量技術監督局備案並組織實施；依法查處標準化、計量、質量和特種設備違法行為；依法查處生產、經銷假冒偽劣商品的違法行為；監督並接受產品不合格企業的整改；辦理質量技術監督行政案件；管理產品質量鑒定、質量仲裁檢驗和計量仲裁檢驗；負責受理質量和計量投訴，調解質量和計量糾紛；落實市質量技術監督局部署的專項檢查；承辦市質量技術監督局交辦的與辦案有關的事項。
(四)負責組織國家標準、行業標準和地方標準的宣傳和實施，並依法進行監督檢查；負責推動采用國際標準和國外先進標準；負責企業產品標準的備案和企業執行標準的登記；組織實施農業標準化、信息標準化和服務標準化；指導企業標準化工作。
(五)負責推行國家法定計量單位；按照統壹規劃的原則，組織建立社會公用計量標準；依法實施計量監督，規範市場計量行為；組織實施強制計量檢定；指導行業和企業的計量工作，推行工業計量現代化管理，完善計量測試體系。
(六)負責實施國家質量認證認可規章制度；制定質量和計量認證認可的規劃和計劃；推動企事業單位開展質量體系認證和產品質量認證；參與國家對認證後企業的跟蹤監管；監督與質量技術監督相關的社會中介組織；負責強制性安全認證產品的監督管理；監督認證產品；查處不符合認證要求的產品和假冒認證標誌等違反相關認證法律法規的行為。
(七)按照國家質檢總局和市質量技術監督局的有關規定，負責廠內鍋爐、壓力容器和電梯、防爆電器、起重機械、客運索道、機動車輛、遊藝機、遊樂設施等特種設備的安全監察和監督；協助市質量技術監督局實施特種設備許可管理；參與特種設備安裝、維修和改造的質量監督；負責特種設備使用者的安全監管；負責或參與事故的調查處理，並對相關事故進行統計分析；協助市質量技術監督局管理特種設備作業人員的培訓和考核；負責依法查處違法行為。
(八)負責組織制定本局質量技術監督發展規劃並組織實施；組織管理質量技術監督宣傳、教育和信息工作。
(九)負責局機關直屬事業單位的管理；負責本局退休人員的管理和服務工作。
(十)承辦重慶市質量技術監督局和區委、區政府交辦的其他工作。