1.1鹵素消毒劑
含氯消毒劑
含氯消毒劑主要是指壹大類溶於水能產生次氯酸的消毒劑。目前常用的含氯消毒劑主要有次氯酸鈉、漂白粉、二氧化氯、氯胺-T、三氯異氰尿酸、二氯異氰尿酸鈉、氯溴三聚異氰酸酯。這類消毒劑主要通過在水中形成次氯酸，破壞其磷酸脫氫酶或與蛋白質發生氧化反應而作用於蛋白質，導致細菌死亡。次氯酸分解形成新的生態氧，氧化細菌蛋白或直接作用於細菌蛋白形成氮氯復合物，幹擾細胞代謝，導致細菌死亡。含氯消毒劑目前在水產品中廣泛使用，市場巨大。其中，二氧化氯被推崇為綠色消毒劑，具有高效、廣譜的特點，能殺滅多種病原微生物(如細菌、真菌、病毒、寄生蟲)。是普通氯制劑殺滅能力的2-6倍。作用於水後不產生有害物質(鹵代有機物)，機體不易產生抗藥性，無殘留。它是壹種綠色消毒劑。隨著近年來二氧化氯價格的下降，其生產應用越來越普遍。
溴消毒劑
近年來，溴類消毒劑逐漸出現，受到了人們的廣泛歡迎。它們的典型代表是溴氯海因、二溴海因和新開發的富溴。該系列消毒劑主要是降低微生物的表面張力，破壞有機保護膜，促進鹵素與致病蛋白分子的親和力，通過在水中形成次溴酸來提高殺菌活性。與傳統氯制劑相比，這種消毒劑具有殺菌效果高、廣譜、持效期長、揮發性小、對金屬腐蝕性小等優點。
碘消毒劑
水產品中常用的有碘、碘伏、PVP-I。碘能氧化病原體細胞質蛋白的活性基團，能與蛋白質結合氧化或碘化巰基化合物、肽、蛋白質、酶、脂類，從而達到殺菌的目的。這種消毒劑也是壹種廣譜消毒劑，對大多數細菌、真菌、病毒都有不同程度的殺滅作用。
1.2酚類、醛類和醇類消毒劑
酚類如來蘇兒、苯酚、復合酚等能使細菌蛋白質變性沈澱或使某些氧化酶失活，對細菌、真菌及大多數疾病有效，對芽孢無效。
酒精乙醇異丙醇等。能使細菌蛋白質變性，幹擾微生物代謝，主要對細菌有效。
醛甲醛和戊二醛能與蛋白質中的氨基酸結合，使蛋白質變性，酶失活，可殺滅細菌、芽孢、病毒、寄生蟲、藻類、真菌。其中戊二醛具有廣譜、高效、速效、低毒的特點，已逐步應用於水產品中，發展前景巨大。
1.3酸堿消毒劑
檸檬酸、乙酸、乳酸、甲酸、過氧乙酸等酸能使細菌蛋白質變性、沈澱或溶解，對各種細菌、真菌有殺滅作用。醋酸有殺蟲、改善水質的作用；過氧乙酸殺菌效果好，分解產物安全，對環境無不良影響。
常用的堿有氧化鈣(生石灰)和氫氧化銨溶液(氨水)。氧化鈣與水混合產生氫氧化鈣，釋放大量熱量，能迅速溶解細菌蛋白膜，使其失去活力，從而殺死殘留在池塘中的病原體和有害生物。由於價格低廉，被廣泛用於池塘清潔和疾病預防。
常用的鹽類有氯化鈉、碳酸氫鈉、乙二胺四乙酸二鈉、硫酸亞鐵、硼砂等。氯化鈉水溶液可用作高滲劑，通過藥浴改變病原體的滲透壓，使細胞內液體平衡失衡，常用於預防和治療細菌、真菌或寄生蟲疾病。硫酸氫鈉與鹽結合常用於防治水黴菌；EDTA是壹種廣譜金屬絡合劑，常用作水產品中的水軟化劑。
1.4重金屬鹽
高錳酸鉀、硫酸銅、汞鹽、銀鹽能與細菌蛋白結合產生蛋白鹽沈澱，主要對細菌和真菌有效，對孢子和病毒作用較差。高錳酸鉀是壹種強氧化劑，通過氧化細菌中的活性基團起到殺菌作用。它通常用於池塘、魚類和其他水生物體的消毒。近年來，人們研究開發了高鐵酸鉀、高鐵酸鍶、高鐵酸鋇等高鐵酸鹽消毒劑，它們具有比高錳酸鉀更強的氧化活性和殺菌力，被稱為壹類極具發展潛力的水產消毒劑。
1.5季銨鹽消毒劑
新潔爾滅、洗必泰、度米芬、消毒網、百毒殺等。分子結構中的疏水基團可以滲透到細菌的質膜和蛋白質層中，改變細菌的通透性，導致細菌中的酶、輔酶和代謝產物泄漏，阻礙細菌的呼吸和糖酵解過程，使細菌蛋白質變性。具有殺菌濃度低、毒性和刺激性小、無腐蝕和漂白、水溶性好、性質穩定等優點。低濃度時能抑制細菌，高濃度時能殺死大部分細菌繁殖體和某些疾病，但對結核病有害。
1.6過氧化物消毒劑
過氧乙酸、過氧化氫、過氧化鈣、臭氧等。氧化能力強，遇到有機物釋放新的生態氧，氧化細菌內的活性基團。這種消毒劑殺菌能力強，易溶於水，在水中分解產生氧氣，也可用作氧合器。是近年來公認的無汙染消毒劑。
1.7染料消毒劑
亞甲藍、吖啶等。能與細菌蛋白質的羧基或氨基結合，影響細菌代謝。亞甲藍不僅可用於殺菌消毒，還可用於治療壹些原蟲(如葫蘆蟲病)，是美國FDA批準的藥物之壹。
1.8中草藥消毒劑
人們越來越重視使用中草藥進行消毒。許多中草藥以其效果好、價格低、資源豐富、毒副作用小等優勢，逐漸進入水產消毒劑市場。常用的有大蒜、煙草、大黃、烏桕、苦楝、五倍子、大黃、楓葉、辣蓼、樟葉、車前草、地錦草、菖蒲、案葉等。