1，成立時間不同
南京同仁堂，歷史悠久，前身是北京同仁堂京都樂家老店南京分店，1926在南京開業。
北京同仁堂於1669年(清康熙八年)創辦同仁堂大藥房。
2，主業不同。
北京同仁堂奠定了西制中藥的基礎，以中成藥為主要產品。是集現代醫藥產業、零售商業、醫療服務為壹體的現代中藥集團。
南京同仁堂主營業務包括片劑、丸劑、膠囊劑、顆粒劑、口服液等劑型。是集中醫診療、養生保健、養生保健指導為壹體的醫廣優質國。
3.不同的歷史發展。
北京同仁堂？1669年(清康熙八年)，樂顯揚創辦同仁堂大藥房；1723年(清雍正元年)，同仁堂受皇帝指派，向清朝皇家大藥房獻藥，而且是官藥獨用。歷經八帝，歷時188年。1957年，同仁堂中藥精煉廠正式成立，開創了中藥西化的先河；北京同仁堂科技發展有限公司成立於2000年5月。
南京同仁堂藥業有限公司在南京開業1926；1955更名為公私合營南京同仁堂國藥股份有限公司；1957被命名為南京同仁堂制藥廠；1998，南京同仁堂藥業有限公司改制成立。
擴展數據
在2020年第三屆中國國際進口博覽會(以下簡稱“中國國際進口博覽會(CIIE)”)上，22個北京老字號亮相北京老字號展。作為商務部首批認定的中華老字號企業，北京同仁堂首次參加第三屆中國國際進口博覽會(CIIE)，並入駐中國國際進口博覽會(CIIE)文化交流活動北京老字號展。
關於同仁堂在大健康產業的布局，同仁堂集團旗下的北京同仁堂科技發展有限公司成立了相關專業的R&D團隊，開發壹些大健康產品。
在此期間，將根據國家有關規定，每年開發藥食同源的相關類別和相關文章。比如同仁堂推出了以阿膠為主題的壹系列產品研發。這幾年已經有三四十個系列的產品了。
參考資料:
人民網-同仁堂首次亮相中國國際進口博覽會(CIIE)，中醫藥文化魅力引人關註。