醫院十分重視科技人才的培養和建設。有高級職稱41人，，擁有江蘇省有突出貢獻中青年專家1人、省“333工程”培養對象1人、南通市科技專業技術拔尖人才3人、南通市新世紀科學技術帶頭人培養對象2人、南通市名中醫2人。科室設置較為完善，設有臨床壹級科室15個：急診科、內科、中醫科、外科、骨傷科、婦產科、兒科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮膚科、針灸科、推拿科、肛腸科、麻醉科。設有7個中心和重癥監護病房：華僑醫療中心、內窺鏡診療中心、無張力疝修補中心、腰椎間盤突出癥治療中心、眼科中心、血液凈化中心、碎石中心、ICU。臨床二級專業組21個：內科分設心血管、神經、消化、腎臟內分泌、呼吸、血液、腫瘤專業組；外科分設骨科、普外、胸外、腦外、泌尿、燒傷整形、腫瘤專業組；中醫科分設中醫內科、中醫婦科、中醫外科、肝膽病、脾胃病專業組；婦產科分設產科、婦科專業組。業務壹級科室7個：檢驗科、放射科（分設普放室、CT室、磁***振）、病理科、功能科（分設超聲室、心電圖室、腦電圖室、經顱多普勒室、碎石排石室、高壓氧艙室）、藥劑科（分設制劑室、門診西藥房、病區西藥房、中藥房、成藥房、中藥庫、西藥庫、成藥庫）、手術室、供應室。中西醫結合專病門診12個：慢性肝炎、結石病、慢性腎炎、不孕癥、咳喘、聲帶小結、潰瘍性肝炎、銀屑病、頸椎病、前列腺病、腰椎間盤突出癥、疑難雜癥。耳鼻咽喉科是南通市重點專科。中醫科、肛腸科、皮膚科、針灸推拿科、骨傷科等特色專科，在社會上有著廣泛的影響力，多年來受到了眾多患者的青睞。