民間最簡單的治療扁平疣的方法，是用中藥鴉膽子仁塗擦疣面；或取薏苡仁30克，水煎服。
對少數分散存在的扁平疣除用鴉膽子仁塗面外，還可加100克蒸餾水配5%的酒石酸銻鉀液點塗疣面，至患處發皰時停止，然後散布硼酸滑石粉，促使其幹燥結痂，痂脫即愈。如數目較多，也可分批進行。 對於疣發較多的病人，還可用板藍根30克，煎水熏洗疣發處皮膚，每日2～3次，使用板藍根註射液進行肌肉註射，每日2次，每次2毫升，註射兩個星期為壹個療程，有治療扁平疣的作用。
其他療法還有：病毒靈，每次口服0.2克，每日3次，1個月為壹療程；磷酸氯奎，每日3次， 第壹次服0.125克，第二、三次服0.25克。用這種方法服1周後，從第二周開始，每次0.25克，每日2次，第三、四周每天只服0.25克，4周為壹療程；還可用維生素B12，每次100毫克，每日1次肌肉註射。壹個療程為30天。
此外，保持健康的心理狀態，對治療扁平疣也十分重要。即使患了扁平疣，也要心情舒暢， 加上有效的中西醫結合治療，壹定會使扁平疣得到治愈。