目前，中藥指紋圖譜技術已涉及眾多方法，包括薄層掃描（TLCS）、高效液相色譜法（HPLC）、氣相色譜法（GC）和高效毛細管電泳法（HPCE）等色譜法以及紫外光譜法（UV）、紅外光譜法（IR）、質譜法（MS）、核磁***振法（NMR）和X—射線衍射法等光譜法。其中色譜方法為主流方法，尤其是HPLC、TLCS和GC已成為公認的三種常規分析手段。由於HPLC具有分離效能高、選擇性高、檢測靈敏度高、分析速度快、應用範圍廣等特點；中藥成分絕大多數可在高效液相色譜儀上進行分析檢測，且積累較豐富的應用經驗。因此高效液相色譜法已成為中藥指紋圖譜技術的首選方法。隨著HPLC— MS和GC—MS等聯用技術的應用，中藥指紋圖譜技術更趨完善。
1 薄層色譜法（TLC） 薄層色譜具有選用範圍廣,重現性好等優點，常用於中藥各種成分的鑒別。用固定波長對薄層展開的各斑點作薄層掃描圖譜比目測的層析圖譜更為客觀準確，因而具有更好的指紋鑒別意義。但由於受薄層板的質量和開放式層析系統等外界因素的影響，易引起壹定的實驗誤差。
2 氣相色譜法 (GC) 氣相色譜是封閉性色譜，受外界影響較少，具有高性能、高選擇性、高靈敏度等優點，適合於藥材及制劑中揮發性成分指紋圖譜的研究。壹般使用質量型檢測器-氫火焰離子化檢測器（FID）。錢浩泉等[5]用氣相色譜法建立了高良姜及其邊緣植物揮發油成分的指紋圖譜。具體應用中多與質譜聯用，不僅具有 GC 的高分離效能，而且兼備了質譜鑒定的高靈敏度和準確性。
3 高效液相色譜法 (HPLC) 高效液相色譜具有分離效率高，分析速度快，定量精密度高，檢測器種類多，穩定性好等特點。不受樣品揮發度和熱穩定性的限制，比氣相色譜法應用範圍更廣，樣品中大多數成分均可在高效液相色譜儀上進行分析檢測，是構建指紋圖譜的主要方法之壹。由於中藥成分的復雜性，構建指紋圖譜壹般采用梯度洗脫，因為逐步提高流動相洗脫能力可獲得較多色譜峰，提供更多指紋信息。在考察條件時，要對指標成分和非指標成分都予以考慮，由於藥材中各種成分的吸收波長及對不同檢測器的響應不同，在構建指紋圖譜時也需要加以考慮。實際應用中多使用多種聯用技術，充分利用各檢測器的互補性，從不同角度反映藥材及制劑的全貌，從各種圖譜中得到結構信息。
4 高速逆流色譜法 (HSCCC) 它是目前國際上較新型的液－液分配色譜技術，利用相對移動的兩種互不相溶溶劑，在處於動態平衡的兩相中將具有不同分配比的組分分離。已有報道[6]將 HSCCC應用於生物堿、黃酮、木脂素、蒽醌等天然產物的分離分析。具有分離效率高，溶劑用量少，無吸附，樣品回收率高,重現性好和適用範圍廣等優點。
5 高效毛細管電泳法 (HPCE) 高效毛細管電泳技術是以高壓電場為驅動，毛細管為分離通道，依據樣品中各組分淌度和分配行為上的差異而實現高效快速分離的新型電泳技術。毛細管電泳的廣泛應用取決於其多變的分離模式，幾乎涉及分析化學中所有的分離對象，小到無機離子，大到蛋白質和高分子聚合物，也能夠分析不帶電荷的中性物質[7]。具有所需樣品少、溶劑消耗少、抗汙染能力強、可直接分析水溶液等優點。其中毛細管區帶電泳 (CZE) 和膠束電動毛細管電泳色譜 (MECC) 是中草藥分析中最常見的兩種模式。但該方法的重現性有待提高。
6 紫外可見光譜 (UV) 紫外可見光譜反映不同化學物質的電子***扼體系特征，具有加和性，對於混合物的鑒別專屬性差，分辨率低，故紫外光譜很少用於指紋圖譜的構建。
7 紅外光譜和近紅外光譜 (IR) 紅外光譜是由分子的振動－轉動能級躍遷產生的光譜，紅外光譜具有高度的特征性。近紅外光譜法在中藥質量控制方面有較好的應用前景。
8 核磁***振法 (NMR) 從純有機化合物的核磁***振氫譜上可獲得結構信息，包括各類質子的化學位移、數量核偶合關系。核磁***振譜具有高度的重現性和特征性，易於解析和進壹步研究，可評價藥材和中成藥質量的均壹性和穩定性。
9 質譜法 (MS) 將中藥提取液置質譜儀中進行電子轟擊電離，可獲得提取液中化學成分的質譜指紋譜，不同中藥提取液所含成分不同，所得質譜圖顯示的分子離子峰及進壹步，裂解碎片峰不壹致，可供鑒別。
10 X射線衍射法 物質被X射線照射可產生不同程度的衍射現象，只要某壹混合物的組成是恒定的，其衍射圖譜可以作為該混合物的特征圖譜。該法具有圖譜指紋專屬性強，信息量大,所需樣品量小等諸多優點，X射線衍射法在動物類藥材鑒定與辨別中有獨特的優勢[8]。
11 分子生物學法 (DNA) 利用聚合酶鏈反應從不同生物樣品中人工合成 DNA片斷，而這種 DNA片斷的大小、數目可因不同的生物而異，故稱之為 DNA指紋圖譜。該技術具有重復性好、靈敏度高的優點。限制性內切酶片段長度多態性（RFLP）是最常用的構建 DNA指紋圖譜的方法，但該法費時費力，應用受到限制。隨機擴增多態 DNA（RAPD）標記，可以在特異 DNA序列尚不清楚的情況下，檢測DNA的多態性，這是構建中藥指紋圖譜的新方法，具有極好的應用前景。 羅誌勇等[9]采用 RFLP技術,分析了人參、西洋參基因 DNA指紋圖譜。