中醫裏面使用的木瓜其實和我們常吃的水果木瓜並不是壹種東西，水果木瓜也稱為?番木瓜?，它是由番木瓜科植物番木瓜結出的果實，屬於壹種熱帶水果，常生於南方壹些地區。而中醫入藥使用的木瓜則是薔薇科植物貼梗海棠的果實，多生於北方地區。
《本草經疏》之中說到，?木瓜溫能通肌肉之滯，酸能斂濡滿之濕，瀉下大吐，轉筋不止，脾胃傷濕皆可除?。《景嶽全書》之中對木瓜的藥性也是比較認可的，書中說到木瓜?酸能走筋，斂能固脫，得木味之正，故尤專入肝而益血?。可見在古人的眼中，中藥木瓜乃是壹味入肝脾之經而除濕、舒筋、和肝胃的良藥。
1、木瓜可除濕痹、通經絡。
木瓜味偏酸澀，藥性溫通，入藥則能起到較好的溫通經絡、化濕消痹的作用。像現在很多人因體內濕寒引起的經絡不通、腰部及關節部位經常出現疼痛等情況，木瓜服之有良效。
在民間人們就常會使用木瓜泡酒來外洗，可起到壹定的通經絡、舒筋骨的作用。還有些地方則是將木瓜煮透，然後研磨成糊狀外敷，也是可以湊效的。
2、木瓜可止濕熱下痢之證。
在暑夏之季，人們由於飲食不潔或者腸胃濕熱蘊結等引起的脾胃不和、瀉下痢疾之證，使用木瓜就可以起到較好的化濕和胃、除濕止痢的作用。
在民間壹些地區，人們出現此類疾病的時間直接用木瓜煮水喝就可以起到壹定的緩解作用。或者再加些車前草、紫蘇葉、藿香等藥材壹同煮茶內服，其除濕熱而止痢的作用更佳。
3、木瓜可緩解腳癬等皮膚疾病。
在民間壹些地區的人們還認為木瓜有殺蟲除癬的作用，尤其是針對於腳部常見的癬疾，用木瓜就可以得到有效緩解。
對於此類皮膚方面的疾病，可以用木瓜同甘草壹起煮水泡腳，每天浸泡壹次，壹般浸泡壹周左右就可以見效。中醫裏面則有用木瓜緩解腳部浮腫、疼痛的用法，比如古方之中的雞鳴散，就是用木瓜配伍紫蘇梗、陳皮、吳茱萸、桔梗、生姜等藥材壹起入藥，對於風寒濕邪下註於足膝引起的腳部水腫、疼痛難忍等情況有較好的緩解作用。