芥子具有溫中散寒，利氣豁痰，通經絡，消腫毒的功效。屬化痰止咳平喘藥下分類的溫化寒痰藥。
適用於胃寒吐食，心腹疼痛，肺寒咳嗽，痛痹，喉痹，陰疽，流痰，跌打損傷。
《別錄》："主射工及註氣發無恒處，丸服之；或搗為末，酢和塗之。"
陶弘景："歸鼻。去壹切邪惡疰氣，喉痹。"
《日華子本草》："治風毒腫及麻痹，醋研敷之；撲損瘀血，腰痛腎冷，和生姜研微暖塗貼；心痛，酒醋服之。"
《日用本草》："研末水調塗頂囟，止衄血。"
《綱目》："溫中散寒，豁痰利竅。治胃寒吐食，肺寒咳嗽，風冷氣痛，口噤唇緊。消散癰腫、瘀血。"
《分類草藥性》："消腫毒，止血痢。"
芥子的藥理研究
黑芥子苷本身無刺激作用，但遇水後經芥子酶的作用生成揮發油，主要成分為異硫氰酸烯丙酯，有刺鼻辛辣味及刺激作用，應用於皮膚，有溫暖的感覺並使之發紅，甚至引起水泡、膿皰。通常將芥子粉除去脂肪油後做成芥子硬膏使用，用作刺激劑，治療神經痛、風濕痛、胸膜炎及扭傷等。
中藥芥子的副作用
肺虛咳嗽及阻虛火旺者忌服。
內服過量可致嘔吐。外敷壹般不超過10～15毫米，時間過長，易起泡化膿。
芥子油或芥子硬膏用於皮膚，如果時間過久或濃度過高，可引起發泡甚至化膿，此時即使停藥，愈合也較慢，此因芥子油已被吸入皮膚，停藥後仍繼續發揮作用所致。芥子油對粘膜刺激性很強，15%溶液滴入兔眼很快引起明顯的結膜水腫。小量芥子內服作調味劑，大量引起嘔吐，更大量則引起強烈的胃腸道刺激。
白芥子和黃芥子的區別
芥子為十字花科白芥屬植物白芥或芥的幹燥成熟種子。前者習稱“白芥子”，後者習稱“黃芥子”。
兩種芥子的臨床功效基本壹致，但白芥子的祛痰平喘作用強於黃芥子，黃芥子的毒性大於白芥子，因此白芥子的市場需求量較大。
由於兩者的外觀性狀相似，有不法商家把黃芥子用硫黃熏烤，冒充白芥子銷售，嚴重影響了臨床用藥的安全有效性。