改革的核心是取消公立醫療機構15%藥品加成，實行零差率銷售；取消掛號費、診療費，設立醫事服務費。
(壹)取消藥品加成、掛號費、診療費，設立醫事服務費。參與此次改革的醫療機構全部取消藥品加成(不含中藥飲片)、掛號費、診療費，所有藥品實行零差率銷售，設立醫事服務費(醫事服務費標準見附件)，實現補償機制轉變。醫療服務費主要用於補償醫療機構的運營成本，體現醫務人員的技術服務價值。
(二)藥品實行陽光采購。實行藥品購銷“兩票制”(生產企業向流通企業開具發票，流通企業向醫療機構開具發票)。鼓勵和規範集團采購、醫療聯合體采購和區域聯合采購，進壹步提高醫療機構參與藥品集中采購的程度，降低藥品和耗材價格。所有藥品采購均在政府建設的網上藥品集中采購平臺上進行，藥品采購價格與省級藥品集中采購最低價動態掛鉤。公示公立醫療機構藥品采購的品種、價格、數量和藥品調整情況，確保藥品采購各個環節在陽光下運行。
(3)規範醫療服務價格。按照“總量控制、結構調整、有升有降、逐步到位”的原則，推進醫療服務價格改革，建立健全動態調整、多方參與的醫療服務價格形成機制。降低大型醫用設備檢查項目價格，提高中醫、護理、手術等體現醫務人員技術服務價值、實踐中技術難度高、風險大的醫療服務價格，逐步理順醫療服務比價關系。首批435個項目入選價格規範。
(4)改善醫療服務。實施改善醫療服務行動計劃，強化醫務人員服務意識，提高醫療服務質量和水平。建立健全醫療質量管理長效機制，綜合考慮醫療質量安全、基本醫療需求等因素，加強臨床路徑管理，推進診療項目精細化、標準化；加強藥品處方審核和處方點評，促進合理用藥。大力推廣非急診預約診療服務，推廣知名專家團隊服務模式，規範服務流程，改善患者就醫體驗。豐富家庭醫生簽約服務內容，讓居民享受更便捷的就醫和轉診服務。推進京津冀醫療機構檢查結果互認。
(5)加強成本費用控制。完善公立醫療機構醫療費用和關鍵績效指標監控體系，促進公立醫療機構控制成本費用。通過信息化手段，加大對異常和高額醫療費用的預警分析，控制高值醫用耗材的不合理使用。嚴格新技術、新項目和特殊服務的準入和管理。加強大型設備采購的可行性論證，提高醫療設備的使用效率。加強公立醫療機構內部績效考核，保持醫療機構數量和薪酬合理增長。
(六)完善分級診療制度。完善分級診療政策體系，完善醫療機構分工協作機制，逐步實現基層首診、雙向轉診、急慢分治、上下聯動。推進緊密型醫聯體和專科型醫聯體建設，提供連續性醫療服務。引導大醫院醫生和再就業專家到基層工作，提高基層醫療服務供給能力和水平。完善家庭醫生簽約服務，統壹高血壓、糖尿病、冠心病、腦血管病等4類穩定期慢性病常用藥品采購和報銷目錄。符合條件的患者可在基層醫療衛生機構享受兩個月的優勢和便利，有序分流三級醫院門診量。
(七)建立財政分級補償機制。按照公立醫療機構隸屬關系，落實財政投入政策，對積極參與醫藥分開綜合改革、效果好的醫療機構給予適當補助，保障基本建設和設備購置、退休人員費用、重點專科發展、人才隊伍建設、政府指令性任務和公共衛生服務等支出。繼續完善分類財政投入政策，對中醫(含中西醫結合和民族醫藥)、傳染病、精神病、職業病、婦產、兒童、康復、腫瘤、老年病、基層醫療衛生機構等醫療機構給予優惠，促進各級各類醫療機構協調發展。
(8)加大醫療保險和支付方式改革力度。通過完善醫保支付制度、醫保制度、醫療救助制度，減輕參保患者負擔。在醫保基金全面預算管理框架下，探索以病種為主，人頭付費、服務單元付費、疾病診斷相關群體付費為輔的復合付費方式，逐步減少按項目付費。對重性精神疾病住院治療、療養康復、非傳染性疾病社區康復、老年病護理等，探索按床日付費改革。發揮各類醫療保險對醫療服務行為和費用的規範、引導、監督和約束作用。全面實施城鄉居民大病保險，加快發展商業健康保險。完善低收入等困難群體醫療救助制度，加強醫療救助與醫保業務的協調，防止因病致貧。
保障措施
(壹)完善工作機制。按照黨中央、國務院的要求，成立了由北京市和中央有關部門、解放軍和武警部隊組成的醫藥分開改革協調小組，單獨協調醫藥分開綜合改革工作。充分發揮北京市醫改領導小組和醫藥分開改革工作小組的作用，及時研究解決改革中遇到的重大問題，確保各項改革措施協同推進、順利推進。各區政府要建立相應的工作機制，精心組織部署，采取有效措施，確保各項改革措施落到實處。
(2)細化職責分工。醫藥分開改革工作小組辦公室(設在市衛生計生委)要科學分析改革實施中存在的風險，完善防範措施和應急預案，加強對改革實施的監督檢查。市衛生計生委要做好組織藥品陽光采購、監督管理醫療機構、改善醫療服務、推進分級診療體系建設等工作。市財政局要完善財政投入政策，按照隸屬關系制定分類補償辦法。市發改委要指導和督促醫療機構更新價格目錄並予以公示，加強價格管理，嚴厲查處價格違法行為。市人力社保局要在此次改革中落實醫保政策，完善復合式醫保支付體系。民政局要完善社會救助對象的醫療救助措施。市編辦應做好公立醫療機構的管理工作。
(3)做好宣傳引導工作。堅持正確輿論導向，充分利用各種新聞媒體，加強政策宣傳解讀，合理引導社會預期，及時回應群眾關切，廣泛匯聚知識，在全社會形成關心、支持、參與改革的良好氛圍。