全株劇毒，其葉、花、種子均可入藥。本品辛溫，具有止痛、麻醉、止咳、平喘的作用。主治咳嗽、哮喘、面瘡、脫肛、風濕、跌打損傷，也可用作麻醉劑。三國時期著名醫學家華佗發明的麻沸散的主要有效成分是曼陀羅。
曼陀羅花不僅可以用來麻醉，還可以用來治病。其葉、花、種子均可入藥，辛溫，毒性大。花可祛風濕、定喘止痛，治驚風寒哮，煎湯治頑風寒濕腳氣。花瓣的止痛效果特別好，可以治療神經痛。葉和種子可以用來減輕咳嗽和疼痛。由於曼陀羅劇毒，國家限制銷售，必要時必須憑醫生處方控制。
曼陀羅所含的藥用成分能松弛肌肉，抑制汗腺分泌，所以古人將這種花制成的麻醉劑命名為“止汗劑”。曼陀羅花、根、果實中所含的莨菪胺等生物堿具有很強的鎮靜作用，但如果用量過大，會導致精神錯亂、意識模糊、出現幻覺、昏迷和癱瘓等中毒反應。傳說華佗的麻醉藥方馬飛散中含有曼陀羅。
文藝復興時期，愛美的意大利女性將含有東莨菪堿的顛茄汁滴入眼中，讓自己看起來更美。
曼陀羅中毒是誤食曼陀羅的種子、果實、葉、花引起的，其主要成分為山莨菪堿、阿托品和東莨菪堿。上述成分具有興奮中樞神經系統、阻斷M-膽堿反應系統、拮抗和麻痹副交感神經的作用。主要臨床表現為口幹咽燥、吞咽困難、聲音嘶啞、脈搏加快、瞳孔散大、譫妄幻覺、抽搐等。在嚴重的情況下，會出現昏迷、呼吸和循環衰竭和死亡。曼陀羅的中藥是曼陀羅花、茄子、醉魚草、杜鵑花、透骨草、喇叭花、茄子或野火麻仁。全株有毒，種子最毒。兒童服用3-8粒即可中毒。壹般口服後0.5-2小時內被口腔和胃黏膜完全吸收，出現中毒癥狀。
曼陀羅中毒的報道很多。壹般進食後半小時出現癥狀，最早20分鐘，最晚不超過3小時。中毒劑量因毒物進入途徑、年齡和健康狀況而異。成人吃三種水果可中毒；兒童較為敏感，只要成人的十分之壹，不超過1粒，3~4粒即可中毒，多為急性突發。中毒兒童仍有睡意。外用曼陀羅葉也可引起急性全身中毒，癥狀與口服相同，且出現癥狀比口服更快。