在前列腺液培養中發現致病病原體是選擇抗菌藥物治療的基礎。如果非細菌性前列腺炎患者有細菌感染的跡象，壹般治療無效，可以用抗菌藥物治療。在抗菌藥物的選擇上，要註意在前列腺腺泡和微循環之間存在由脂膜構成的前列腺-血屏障，阻礙了水溶性抗生素的通過，使治療效果大大降低。當有前列腺結石時，結石會成為細菌的避難所。以上因素構成了慢性細菌性前列腺炎治療的難點，需要較長的療程，且易復發。
目前提倡使用氧氟沙星或左氧氟沙星等喹諾酮類藥物。如果無效，繼續使用8周。復發和壹脈相承，用預防劑量減少急性發作，減輕癥狀。如果長期使用抗生素誘發嚴重的副作用，如偽膜性腸炎、腹瀉和腸道耐藥菌株的生長，就要改變治療方案。非細菌性前列腺炎是否適合用抗菌藥物治療，臨床上仍有爭議。“無菌性”前列腺炎患者還可以使用對細菌和支原體有效的藥物，如喹諾酮類、SMZ-TMP或單用TMP，與四環素類和喹諾酮類聯合使用或間隔使用。如果抗生素治療無效，確診患者為無菌性前列腺炎，將停止抗生素治療。此外，用雙球囊導管封閉前列腺尿道，從尿道腔向前列腺管內註射抗生素溶液也能達到治療目的。
I型主要是廣譜抗生素，對癥治療和支持治療。ⅱ型建議口服抗生素，選用敏感藥物。療程為4-6周，期間要分階段對患者進行評估。ⅲ型可口服抗生素治療2 ~ 4周，再評價療效。同時，非甾體抗炎藥、α受體拮抗劑、M受體拮抗劑等可改善排尿癥狀和疼痛。IV型不需要治療。
2.消炎止痛
非甾體抗炎藥可以改善癥狀，吲哚美辛壹般口服或栓劑，中藥配合消炎、清熱、解毒、軟堅類藥物也取得了壹定的效果。別嘌呤醇可降低全身及前列腺液中尿酸濃度，理論上可作為自由基清除劑，還可清除活性氧成分，消炎止痛。這是壹種可選的輔助療法。
3.理療
前列腺按摩可以排空前列腺管內的濃縮分泌物，引流腺體阻塞區域的感染病竈，所以對於頑固的病例，可以在使用抗生素的同時，每3 ~ 7天做壹次前列腺按摩。采用微波、射頻、超短波、中波、熱水坐浴等多種物理因子進行前列腺理療，有利於放松前列腺、後尿道平滑肌、盆底肌，加強抗菌作用，緩解疼痛癥狀。
4.m受體拮抗劑
對於有尿急、尿頻、夜尿等膀胱過度活動，但無尿路梗阻的前列腺炎患者，可使用M受體拮抗劑。
5.α受體拮抗劑
前列腺痛、細菌性或非細菌性前列腺炎患者的前列腺、膀胱頸和尿道的平滑肌張力增加。排尿時，後尿道內壓升高，使尿液回流到前列腺管內，是引起前列腺疼痛、前列腺結石、細菌性前列腺炎的重要原因。應用α受體拮抗劑可有效改善前列腺疼痛和排尿癥狀，有助於防止尿液在前列腺內反流，對防止感染復發具有重要意義。在ⅲ型前列腺炎的治療中也有重要作用。α受體拮抗劑應長期使用，以便有足夠的時間調整平滑肌功能，鞏固療效。可根據患者情況選擇不同的α受體阻滯劑，主要有多沙唑嗪、萘哌地爾、坦索羅辛、特拉唑嗪等。
6.前列腺按摩和熱療
前列腺按摩是傳統的治療方法之壹。研究表明，適當的前列腺按摩可以促進前列腺管的排空，增加局部藥物濃度，進而緩解慢性前列腺炎的臨床癥狀。熱療主要是利用各種物理手段產生的熱效應，增加前列腺組織的血液循環，加速新陳代謝，益效和消除組織水腫，緩解盆底肌肉痙攣。
7.外科療法
手術治療可用於復發性慢性細菌性前列腺炎。前列腺切除術可以達到治愈的目的，但要慎用。由於前列腺炎通常累及腺體的外周帶，TURP很難達到治療的目的。TURP可清除前列腺結石和前列腺導管附近的細菌感染病竈，有助於減少周圍病竈的再感染。
8.其他治療
包括生物反饋治療、會陰部體外沖擊波治療、心理治療、中醫治療等。