1.治療誘因(包皮過長、陰道炎、包皮龜頭炎、淋病等。).
2.提高身體免疫力。
3.化學療法
(1)0.5%鬼臼毒素酊(或0.15%乳膏)適用於治療直徑≤10mm的生殖器疣，臨床治愈率可達90%左右。疣體總面積不得超過10cm2，每日總用量不得超過0.5ml，服藥後局部藥物自然幹燥。副作用主要是局部刺激，包括瘙癢、灼痛、紅腫、糜爛、壞死。此外，該藥有致畸作用，孕婦禁用。
(2)用5%咪喹莫特乳膏治療尖銳濕疣，疣體平均去除率為56%。這種療法的優點是復發率低，約為13%。紅斑不是停藥的指征。如果出現糜爛或損傷，就要停藥復診。醫生會對傷口進行處理，決定是否繼續服藥。副作用主要是局部刺激，包括瘙癢、灼痛、紅斑、糜爛。咪喹莫特在妊娠期間的安全性尚未確定，因此孕婦禁用。
(3) 80% ~ 90%的三氯乙酸或二氯乙酸應由醫生處理。使用時，將少量藥液塗於疣損處，幹後表面形成壹層白霜。治療過程中應註意保護周圍的正常皮膚和粘膜。如果外用液體過多，可塗抹滑石粉、碳酸氫鈉(小蘇打)或洗手液，中和多余未反應的酸。此藥不能用於角化過度或大、多發性、大疣。不良反應包括局部刺激、發紅、糜爛等。
4.冷凍療法
采用-196℃低溫液氮，對尖銳濕疣進行加壓冷凍治療，促進疣體組織壞死脫落。該手術簡單、有效，患者易於耐受。此法適用於數量少、面積小的尖銳濕疣，治療1 ~ 2次，間隔壹周是可行的。
5.激光療法
通常使用CO2激光通過燒灼來治療尖銳濕疣。單個或少量多發性疣壹次性治療可行，多發性或大疣分2 ~ 3次治療可行，間隔時間壹般為壹周。
6.電灼療法
采用高頻電針或電刀去除尖銳濕疣。此療法適用於數量少、面積小的尖銳濕疣。
7.氨基酮戊酸光動力療法(ALA-PDT療法)
這種方法可以選擇性殺死增生細胞，不僅破壞肉眼可見的尖銳濕疣，還可以清除亞臨床損傷和潛伏感染組織。具有治愈率高、復發率低、不良反應少而輕、患者依從性好的優點。
8.外科療法
適用於巨大尖銳濕疣的整體或批量切除。
9.免疫療法
不提倡單獨使用，可作為輔助治療和預防復發。幹擾素可通過肌內、皮下和病竈底部註射，白細胞介素-2可通過皮下或肌內註射，多肌細胞可通過肌內註射。