壹般於霜降至立冬采收。以管狀花(即花心)散開2/3時為采收適期，若將全部開放的花朵采下後加工質量差。采收菊花要選晴天露水幹後進行，否則容易腐爛、變質、色遜、質差。
二、加工菊花品種繁多，各地均有獨特的傳統加工方法。
1.亳菊
在花大部分盛開齊放、花瓣普遍潔白時，連莖稈割(折)下，分二、三次收完。紮成小捆，倒掛於通風幹燥處晾幹3至4周，不能曝曬，否則香氣差。幹燥快的色白，幹燥慢的為淡黃色，至花有八成幹時，即可將花摘下，置熏房內用硫磺熏白。熏後再攤曬1天即可幹燥。然後裝入木板箱或竹簍，內襯牛皮紙，1層菊花壹層紙相間壓實貯藏。壹般畝產50千克，高產達150千克。
2.滁菊
菊花采後陰幹、熏白，曬至六成幹時，用竹篩將花頭篩成圓球形，再曬至全幹即成。曬時切忌用手翻動，可用竹筷輕輕翻動晾曬。
3.貢菊
菊花采後置烘房內烘焙幹燥，以無煙的木炭作燃料。烘房溫度控制在40至50℃之間。烘時將貢菊攤在竹簾上，當第1輪菊花烘至九成幹時，再轉為第2輪。第2輪的溫度較第1輪低，約30至40℃。當花色烘至象牙白時，即可從烘房內取出，再置通風幹燥處陰至全幹。此法加工菊花，清香而有甘味，花色鮮艷而又潔白，且揮發油損失甚少，較曬熏、蒸法加工質量為好。尤其是采用硫磺熏蒸，菊花被硫和硫化物汙染，嚴重影響藥菊的質量和衛生。
4.杭菊
杭菊花加工采用燒柴的小竈蒸花的辦法。鐵鍋外緣直徑50多厘米，把菊花鋪放在蒸花盤內(蒸花盤用竹篾編成，周邊斜上，添約5厘米，上緣直徑約37至39厘米)，厚約3厘米，過厚不易蒸好。鍋水燒開後，放入2至3只蒸花盤，上蓋木鍋蓋。蒸花火力要猛而均勻，每蒸壹次加壹次熱水。鍋水不宜過多，以免水沸到蒸花盤，影響菊花質量。蒸的時間約4至4.5分鐘，過生過熟過頭成“濕腐狀”，不易曬幹;蒸的時間過短，則出現生花，剛出籠時花瓣不貼伏，顏色灰白，經風壹吹則成紅褐色。過久花熟都影響質量。蒸好的菊花放在竹簾上曬，菊花未幹不要翻動，晚上收進室內不能壓，曬3天後翻身壹次，約曬6-7天後，收起貯藏數天以後再曬1-2天，花心完全變硬即可貯藏。 陳皮加工方法較簡單，即將剝下的果皮曬幹或陰幹即可。但廣陳皮和川陳皮加工方法略有不同，分述如下：
1.廣陳皮。
摘取成熟果實，用刀將果皮剖成3瓣，基部相連，剝下，通常采用陰幹的辦法使其幹燥。20世紀70年代以前，常將幹燥果皮用稻草結成串或裝於陶罐中，掛於土竈竈口(稱火尾)，以竈中余熱熏烤多時，取下密封備用。現多將幹燥果皮密封於塑料袋中，放置2～3年後待其外表顏色變為深棕色後使用。
2.川陳皮的加工。
由於四川盆地空氣潮濕，且晴日較少，所收集果皮多采用烘幹，故川陳皮分炕陳皮和曬陳皮2種。炕陳皮藥材常可見有焦黃者。