學校創建於1936，前身為國家藥學院(本科四年制)，是我國第壹所由國家創辦的藥學高等院校。1937遷回漢口，1938遷回重慶，1946遷回南京。1950更名為華東藥學院。1952齊魯大學藥學系與東吳大學藥學系合並為校，華東藥學院成立。1953中南衛生學院藥學專業並入學校。1956更名為南京藥學院。1986與正在籌建的南京中醫學院合並成立中國藥科大學。2000年，學校從國家醫藥產品管理局轉到教育部管理。2001江蘇藥校並入學校。
截止2019年末，學校擁有玄武門和江寧兩個校區，占地面積近2100畝，建築面積近56萬平方米。醫院科室16個，其中本科專業31個，專科(高職)專業3個。有博士後流動站2個，壹級博士點3個，壹級碩士學位授權點7個；截止2019年末，學校有教職工1684人，全日制在校生16781人，其中本科生11593人，研究生4682人，國際生443人，預科生63人。