道外校區:位於哈爾濱市道外區，占地約255萬平方米，建築面積約70萬平方米。這裏主要是教學樓、科研機構、實驗室、學生公寓等。醫學院、口腔醫學院和生命科學技術學院。
香坊校區:位於哈爾濱市香坊區，占地約1160畝，建築面積約30萬平方米。這裏是哈爾濱醫科大學附屬第二醫院所在地，醫學院的分院(本部)也設在這裏，主要包括臨床醫學系、基礎醫學系和公共衛生系的教學樓、實驗室和學生公寓。